Соглашение с ООН, по которому в страну «не будут ввозиться военные материалы». И именно в этот день из Порт де Бу близ Марселя отчалило судно «Альталена», которое Иргун купил у морского ведомства США. Оно было до отказа загружено оружием и боеприпасами и направлялось в Израиль. Кроме того, на борту находилось 800 добровольцев из Америки и Европы, готовых сражаться с арабами в рядах «Иргуна». Поначалу Бен-Гурион и Бегин договорились, что оружие поступит в различные группы вновь создаваемой армии. Однако Бегин, опасаясь предательства со стороны временного израильского правительства при заключении мирного соглашения с арабскими странами, выступившими войной против нового государства в день его провозглашения, изменил свое решение и послал в Кфар-Виткин, к берегам которого должна была причалить «Альталена», группу дезертировавших из армии бывших членов «Иргуна» с целью разгрузки корабля. Бен-Гурион не был согласен с таким поворотом дела. В результате «Альталена» была взята штурмом силами Хаганы, а затем потоплена.
Исер Харел получил приказ о расформировании «Иргуна». Агенты Харела гонялись за членами «Иргуна» по всей стране, разыскивали бывших его офицеров и тайники с оружием. Харел выполнял задание, как всегда, тщательно и аккуратно. Он лично беседовал с пойманными, убеждал их прекратить сопротивление и войти в состав новой регулярной армии. Кое-кто отказывался, большинство соглашалось. С Иргуном было покончено.
Но оставалась «ЛЕХИ». Ситуация с ней обострилась, когда 17 сентября 1948 г. близ Иерусалима был убит граф Бернардот, шведский дипломат, назначенный ООН посредником для разрешения противоречий между арабами и евреями. Харел представил Бен-Гуриону доказательства, что это убийство – дело рук «ЛЕХИ». Он предложил арестовать всех членов группы, благо у него имелись почти все адреса их местонахожения и мест хранения оружия и боеприпасов. Бен-Гурион дал добро, и той же ночью Харел начал операцию. Через 13 дней после убийства Бернардота организация «ЛЕХИ» перестала существовать. Интересно, что пройдет несколько лет и Харел в качестве руководителя Мосада убедит Бен-Гуриона в целесообразности привлечения к работе в Мосаде бывших членов «ЛЕХИ». Одним из первых был приглашен последний руководитель организации Ицхак Езерницкиий, впоследствии – будущий премьер-министр Израиля Ицхак Шамир. Пожалуй, с разгрома «ЛЕХИ» началось многолетнее непрерывное восхождение Исера Харела на вершины его служебной карьеры. Он отличился в борьбе с правой оппозицией. Через некоторое время он так же себя проявит и в борьбе с левой оппозицией. Ибо он обеспечил себе самое главное на тот момент: поддержку и расположение Бен-Гуриона.
30 июня 1948 г. в Израиле были созданы первые четыре организации разведывательного сообщества нового государства. Среди них – служба внутренней безопасности ШАБАК. Исер Харел был назначен ее руководителем.
Первой операцией Харела на новом посту было взятие под контроль деятельности коммунистов,