Гекатея начиналось замечанием, что «он будет излагать только то, что кажется ему достоверным, ибо многие повествования эллинов до очевидности смешны». Ввиду такого вступления нельзя сомневаться, что историк относился к материалу с разбором, что многие басни были отвергнуты им как вымыслы. Отрывки 346, 349 и 357 – единственные уцелевшие образчики скептицизма историка. В первом из них он предлагает разуметь под Кербером о трех головах огромную змею, обитавшую на Тенаре, причем объясняет по-своему превращение ее в собаку преисподней: «потому что укушенный ею неизбежно тотчас умирает от яда». В отрывке 349 историк отвергает всякое отношение Гериона к Иберии и странствование Геракла к острову Эрифея по ту сторону Столпов: «Герион был царем того материка, что подле Амбракии и амфилохов, из этой-то страны и угнал коров Геракл». В третьем из названных отрывков Гекатей вместе с некоторыми другими отрицал прибытие Египта в Аргос: «Так называется, – заключает он, – в Аргосе мыс, на котором творят суд аргивяне». Сюда же можно отнести и фрагмент 72, в котором Гекатей объясняет происхождение названия реки Инах у амфилохов, отличной от реки того же имени в Арголиде.
Характеристическими образчиками первоначального рационализма могут считаться Гекатеевы этимологии, в большом числе попадающиеся даже в его отрывках. Так, имя города Синопы есть для него испорченное Санапа, а Санапой назван город от пьянствовавшей амазонки, ибо у фракийцев пьяницы называются санапами: «Пьяница амазонка прибыла из этого города к Литиде». Остров Тенедос, по Гекатею, значит «жилище Тенна» (Τενου εδος); Микены названы от верхней части рукоятки меча (μυκης), потерянной на том месте; город Хиос на острове того же имени назван так или по имени Океанова сына Хиоса, или от снега (χιων), или от нимфы Хионы и других. Характеристическими назвали мы подобные этимологии потому, что, в сущности, в том же роде была вся критика первых историков, не исключая в большинстве случаев и самого Геродота, даже Фукидида, относительно далекой старины. Единственным основанием для такого рода критики является субъективное чувство вероятности или невероятности данного известия или объяснения. Тот же самый скептик Гекатей, равно как и другие ранние историки Эллады, обыкновенно признавали историческую реальность тех событий и лиц, относительно которых у них не было других свидетельств, как народные предания или поэтические произведения. Только отдельные данные этого мифологического прошлого, противоречившие усилившемуся требованию естественности, возбуждали сомнение и отвергались как невозможные. При этом скептик вовсе не входил в те исторические условия и в то умственное и общественное состояние своих предков, которые одни способны были произвести на свет то или другое «невероятное» сказание, дать содержание для этого последнего, и знакомство с которыми обязательно для понимания их бытового смысла и значения как памятников известной степени умственного развития. Впрочем, у Геродота мы найдем не один