При этом сама Центральная рада в этот период являлась не полноценным государственным органом, а лишь своеобразной общественной организацией, которая игнорировалась государственными учреждениями Временного правительства, её деятельность не финансировалась, а налоги, как и прежде, шли в российскую казну. Попытки Центральной Рады и Генерального секретариата заявить о своих правах на автономию вызвали негодование в Петрограде. Временное правительство, ссылаясь на отсутствие официального постановления об учреждении Центральной рады, приняло решение считать саму Центральную раду и её Генеральный секретариат «несуществующими». В Киеве по распоряжению Верховного прокурора Временного правительства П. Малянтовича должно было быть возбуждено уголовное преследование членов Центральной Рады за сепаратизм. Их спасла от суда Октябрьская революция.
25 октября (7 ноября) 1917 года в Петрограде произошло большевицкое вооружённое восстание, в результате чего Временное правительство было свергнуто. Призывы киевских большевиков на совместном заседании исполкомов советов рабочих и солдатских депутатов поднять восстание и захватить власть успеха не имели. После октябрьской революции Центральная Рада высказалась против большевицкого восстания в Петрограде и призвала «упорно бороться со всеми попытками поддержки этого восстания на Украине». 7 (20) ноября по решению Малой рады в чрезвычайном порядке был принят Третий Универсал, в котором провозглашалось создание Украинской Народной Республики при федеративной связи с Российской республикой. Но Центральная Рада отказывалась признавать большевицкое правительство в Петрограде. Более того, войска Цетральной Рады стали препятствовать передвижению большевицких частей для борьбы с Калединым на Дону, блокируя ж.д. сообщение.
26 ноября (9 декабря) Совнарком РСФСР выступил с обращением ко всему населению «О борьбе с контрреволюционным восстанием Каледина, Корнилова, Дутова, поддерживаемым Центральной Радой»: «В то время, как представители рабочих, солдатских и крестьянских депутатов советов открыли переговоры с целью обеспечить достойный мир измученной стране, враги народа империалисты, помещики, банкиры и их союзники – казачьи генералы предприняли последнюю отчаянную попытку сорвать дело мира, вырвать власть из рук советов, землю из рук крестьян и заставить солдат и матросов и казаков истекать кровью за барыши русских и союзных империалистов. Каледин на Дону, Дутов на Урале подняли знамя восстания… Буржуазная Центральная Рада Украинской Республики, ведущая борьбу против украинских советов, помогает Калединым стягивать войска на Дон, мешает советской власти направить необходимые военные силы по земле братского украинского народа для подавления Калединского мятежа».
Отказ руководства УНР признавать советское правительство привёл к тому, что между Совнаркомом и Генеральным секретариатом