II освятил церковь Печерской святой Богородицы.
В 1089 году Иоанн скончался. В данной записи имеется краткая биографическая заметка: «Въ лѣто 6597. Священа бысть церкви Печерьская святыя Богородица манастыря Феодосьева, Iоаномъ митрополитомъ… Въ се же лѣто преставися Iоанъ митрополитъ; бысть же Iоанъ мужъ хытръ книгамъ и ученью, милостивъ убогымъ и вдовицямъ, ласковъ же ко всякому богату и убогу, смѣренъ же и кротокъ, молчаливъ, рѣчистъ же, книгами святыми утѣшая печалныя, и сякого не бысть преже въ Руси»68. Те же данные подтверждают Ипатьевская, Софийская первая, Новгородская четвертая, Никоновская, Тверская, Троицкая летописи и Рогожский летописец.
Новгородская первая летопись смерть Иоанна указывает в 1091 году.
Ранее, чем в летописных источниках, митрополит Иоанн упоминается в Житии «Жiтие и жизнь иже в святыхъ отца нашего Исаiа епископа ростовскаго чюдотворца»: «Въ 6585 году, за многiя добродѣтели, по избранiю Святаго Духа, поставляется епископомъ города Ростова от митрополита Iоанна»69. На основании данного источника митрополит Иоанн в 1077 году ставит епископом Ростова Исайю.
Больше биографических данных митрополита Иоанна II не сохранились.
Митрополит Иоанн II является предполагаемым автором нескольких сочинений.
Список сочинений Иоанна II, митрополита Киевского:
1. «К архиепископу римскому от Иоанна митрополита русского о опресноцех» (или «Послание к папе Клименту») (до 1089 года)
2. «Иоанна, митрополита русского, нареченного пророком Христа, написавшего правило церковное от святых книг вкратце Иакову черноризцу» (до 1089 года)
3. «Поучение от седми сбор на латину» (XI век)
Избранная литература об авторе и его сочинениях:
1. «Полное собрание русских летописей, изданное по высочайшему повелению археографической комиссией. Том первый. I. II. Лаврентьевская и Троицкая летописи». Санкт-Петербург. В типографии Эдуарда Праца. 1846 год. Стр. 88, 89.
2. «Полное собрание русских летописей, издаваемое государственной археографической коммиссией Российской Академии Наук. Том Второй. Ипатьевская летопись. Выпуск первый. Издание третье». Петроград. Первая Петроградская Трудовая Артель Печатников. 1923 год. Ст. 194—197.
3. «Полное собрание русских летописей, изданное по высочайшему повелению археографической комиссией. Том Третий. IV. Новгородские летописи». Санкт-Петербург. В типографии Эдуарда Праца. 1841 год. Стр. 3.
4. «Полное собрание русских летописей, изданное по высочайшему повелению императорской археографической комиссией. Том четвертый. Часть первая. Новгородская четвертая летопись. Выпуск I». Петроград. Типография Я. Башмаков и К. 1915 год. Стр. 135.
5. «Полное собрание русских летописей. Том Шестой. Выпуск I. Софийская первая летопись старшего извода». Москва. Языки русской культуры. 2000 год. Ст. 205, 206.
6. «Полное собрание русских летописей, изданное по высочайшему повелению археографической комиссией.