Помпей стал его приверженцем. И не просто сторонником, а деятельным военачальником: он набрал три легиона и привел их к Сулле. Одержал ряд побед над войсками диктатора Карбона. После этого был послан в Галлию помощником к наместнику Метеллу, снова показав себя умелым военачальником.
Сулла, ставший полновластным правителем Рима, сумел по достоинству оценить полководческий талант своего верного приверженца. Гней Помпей посылается с войсками на Сицилию, куда с флотом ушел Карбон. Диктатор был пленен и казнен по приказу Помпея.
После этого Сулла посылает Гнея Помпея на север Африки, где собирал войска Домиций, еще один противник Суллы. Помпей покинул остров Сицилия с шестью легионами, которые погрузились на 120 боевых кораблей. Флот сопровождало 800 судов, груженных оружием, продовольствием и боевыми машинами.
На африканской земле сулланский полководец разбивает в сражении 20-тысячное войско Домиция. Он подчиняет новому правителю Рима местные провинции и Нумидию. При возвращении на берега Тибра благодарный Сулла приказал встретить Гнея Помпея с триумфом, утвердив данное ему легионерами прозвище Магнус, что означало Великий.
Смерть Луция Корнелия Суллы в 78 г. до н. э. вновь повергла Рим в междоусобицу. Гней Помпей выступил против Лепида, попытавшегося силой оружия заполучить единоличную власть. В 73–72 гг. до н. э. воюет против марианца Сертория (был убит заговорщиками во время застолья) в Испании, которая «возвращается» Риму. В 71 г. до н. э., вернувшись с легионами с Пиренеев, участвует в истреблении остатков (5 тысяч человек) армии Спартака, разгромленной в битве с легионами Красса.
Помпей приписал себе победу и над Серторием, и над Спартаком. Он донес римскому сенату: «Красс выиграл битву, а я с корнем вырвал войну». Став консулом вместе с Крассом, Гней Помпей добивается отмены ряда законов Суллы и восстановления власти народных трибунов.
Вскоре после этих событий Средиземноморье захлестнула невиданная волна морского разбоя. Целые флотилии пиратов, главной базой которых стала Киликия, перекрыли все морские торговые пути, совершая грабительские набеги и на побережье. Так было разграблено до 400 прибрежных городов.
В Вечном городе резко возросли цены на продовольствие, прежде всего на хлеб, большая часть которого доставлялась морем. К тому же пираты по многим причинам ненавидели римлян, относясь к ним с особой жестокостью. Все это переполнило чашу терпения римского сената.
В 67 г. до н. э. сенат принимает постановление, по которому Гней Помпей Великий получает на три года чрезвычайные полномочия, чтобы покончить с пиратством в Средиземноморье. Народное собрание утвердило законопрект. Помпею разрешили вести военные действия в 50-мильной береговой зоне, снарядить 500 военных кораблей, набрать 120 тысяч тяжелой пехоты и 5 тысяч всадников. Его помощниками стали 24 сенатора.
Помпей Великий действовал в войне против пиратов как подлинный стратег. Он разбил Средиземное море на 13 частей. В каждой из них действовал отдельный отряд кораблей, в