«Избрание святого Марка папой» Гульельмо Кортезе, «Святой Матфей» Пьетро Пачилли, «Папа Марк утверждает план базилики» Джованни Анджело Канини, «Святой Варфоломей» Жана (Джованни) Ле Ду, «Папа Марк освящает алтарь базилики» Франческо Аллегрини, «Святые Симон и Иуда Фаддей» Сальваторе Беркари, «Перенос мощей папы Марко в Рим» Фабрицио Кьяри, «Видение святого Иоанна Евангелиста» Рене-Мишель Слодца, «Святой Лоренцо Джустиниани, первый Патриарх Венеции» Доменико Корви, «Святой Андрей» Андреа Бергонди и «Святой Петр и Симон-волхв» Пьетро Пачилли.
Фрески и барельефы на правой стороне – «Святые Абдон и Сеннен хоронят христианских мучеников» Гульельмо Кортезе, «Иаков Старший, крестящий волхва Ермогена» Карло Мональди, «Святые Абдон и Сеннен отказываются поклоняться идолам» Джованни Анджело Канини, «Филипп крестит евнуха» Пьетро Пачилли, «Святые Абдон и Сеннен, запряженные в ярмо триумфальной колесницы императора Деция» Франческо Аллегрини, «Призвание святого Матфея» Карло Мональди, «Мученичество святых Абдона и Сеннена» Франческо Мола, «Неверие святого Фомы» Карло Мональди, «Беатификация Грегорио Барбариго» Доменико Корви, «Святой Иаков Младший» и «Святой Павел и Елима волхв» Карло Мональди.
Вернемся к входу в базилику и начнем осмотр боковых нефов, двигаясь против часовой стрелки, справа налево. Боковые нефы базилики имеют сводчатые потолки с неглубокими часовнями, стены между которыми покрыты надгробными памятниками преимущественно XVII – XVIII веков.
Первая капелла Воскрешения (Capella delle Ressurrezione) относится к XV веку. В это время были выполнены фрески с изображением Голубя Святого Духа и Девы Марии. В люнете – фреска Бернардино Гальярди «Бог-Отец» (1654). Алтарь из яшмы в виде древнеримского саркофага украшен картиной Пальмы Младшего «Воскрешение» (1600).
Необычный надгробный памятник кардиналу Франческо Пизани, умершему в 1570 году, выполнен в виде древнегреческого храма с множеством колонн из разноцветного мрамора и алебастра. Над гербом кардинала примостилась «Сивилла» Бернардино Гальярди.
Далее следует капелла святого Антония Падуанского (Capella di San Antonio) или капелла Томачелли, в алтаре которой находится картина XVII века художника Луиджи Примо, прозванного Джентиле «Мадонна с младенцем, святой Анной и святым Антонием Падуанским».
В левой нише – надгробный памятник канонику15базилики и ватиканскому архивариусу Луиджи Оресте Борджиа, умершему в 1916 году. Почти не читаемая эпитафия черными буквами на черном мраморе и реалистически выполненный строго-печальный бюст покойного создан по проекту инженера и францисканского монаха Аристидо Леонори.
Наверху еще одна «Сивилла» Бернардино Гальярди, на этот раз «Куманская».
Третья по счету – капелла Поклонения волхвов (Capella dell’Adorazione dei Re Magi), бывшая капелла Спекки, с надалтарной картиной художника XVII века Карло Маратта, иллюстрирующей этот евангельский сюжет.
Слева от капеллы – надгробие