По его словам она подготовила указ о переходе дворца и другого имущества императрицы Евдокии в собственность Пульхерии. Когда Феодосий собирался подписать его, он заметил приписку что его жена должна стать рабыней Пульхерии. Это так разгневало императора, что он отослал сестру и приказал патриарху посвятить её в диакониссы. Более поздний хронист Феофан, прославляющий деяния Пульхерии, превращает историю о рабстве императрицы в шутку: «Между прочим премудрая Пульхерия раз предложила ему [Феодосию] бумагу об отдаче ей в рабство супруги его, Евдокии, которую он не читавши, подписал, за что потом она укоряла его».
Однако вскоре и сама Евдокия оказалась в опале, заподозренная мужем в супружеской неверности. Евдокия удалилась в 443 году жить в Иерусалим, а Пульхерия вернулась по просьбе Феодосия во дворец. Хрисафий позднее был выдан по приказу Пульхерии своему кровнику и убит.
Согласно церковной истории греко-православной традиции (с чем не согласна церковная история нехалкидонской древневосточной христианской традиции), после победы над несторианством возникла новая ересь, учение константинопольского архимандрита Евтихия об отрицании человеческого начала в Христе (монофизитство). По этому поводу в 449 году собрался Второй Эфесский Собор, позднее заклеймённый Разбойничьим, который низложил патриарха Флавиана и приняв исповедание Евтихия оправдал его от обвинений в ереси. Римский папа Лев I шлёт многочисленные письма в адрес Феодосия и Пульхерии с просьбами воспрепятствовать действиям сторонников Александрийской богословской школы и лично патриарха Александрийского Диоскора, однако император разделял их взгляды и не прислушался к мнению папы римского. Ситуация разрешилась только после гибели Феодосия в июле 450 года при его неудачном падении с лошади.
Феофан так рассказывает о событиях после смерти Феодосия:
«Между тем блаженная Пульхерия, пока никто еще не знал о смерти императора, послала за Маркианом, мужем сколько умным столько же и скромным, притом уже довольно пожилых лет и способным к делам, и когда он явился к ней, сказала ему: „Так как император скончался, то я избираю тебя из всего сената, как достойнейшего прочих. Дай мне слово, что ты уважишь девство мое, которое обещала я Богу, и я провозглашу тебя царем.“».
Сын фракийского пастуха Маркиан, женившись на 51-летней Пульхерии, стал византийским императором 25 августа 450 года. Чтобы подтвердить свою легитимность в Западной империи, он совместно с Пульхерией созвал в октябре 451 года Халкидонский собор, на котором были осуждены решения Разбойничьего Эфесского собора.
В Константинополе Пульхерия построила 3 храма: Влахернская церковь, монастырь Панагии Одигитрии и святилище Халкопратии, куда поместила христианские реликвии. Согласно Никифору Каллисту, Пульхерия в Халкопратейском храме положила пояс Пресвятой Богородицы, принесённый из Палестины в Константинополь еще при Аркадии; в храме Одигитрии поставила икону с портретом Богоматери; во Влахернский пожертвовала