руководства работой прокуратуры по выполнению Указа Президиума Верховного Совета СССР от 26 июня 1940 года «О переходе на восьмичасовой рабочий день, на семидневную рабочую неделю и запрещении самовольного ухода рабочих и служащих с предприятий и учреждений».
Несмотря на драконовские меры (за незначительные опоздания рабочих и служащих подвергали исправительным работам, а иногда и тюремному заключению) и показательные суды, указ не достиг своей цели.
7 августа 1940 года Панкратьев был освобожден от должности Прокурора Союза ССР. Его жена рассказывала: «Я узнала о том, что его сняли, из газет и сразу вылетела к нему из Сочи. Он очень переживал, но старался не подавать виду. Говорил: «Не волнуйся, за мной ничего нет, я кристально чист. Вы с дочкой можете спать спокойно».
Вскоре для Панкратьева нашлась подходящая должность в системе Наркомата юстиции СССР. В октябре 1943 года Панкратьев стал председателем военного трибунала 2-го Прибалтийского фронта. В этой должности он служил до конца Великой Отечественной войны. Судя по служебным характеристикам этого периода, он вполне удовлетворял требованиям военного командования. Панкратьев правильно строил карательную политику, вел беспощадную борьбу с врагами Родины, а в период наступательных боев добился оперативности в разборе дел. Потом он служил в Прибалтике в должности председателя военного трибунала Прибалтийского военного округа. Ревизия, проведенная в марте 1946 года Главным управлением военных трибуналов, установила, что Панкратьев правильно обеспечивает руководство судебной практикой военных трибуналов округа. Панкратьев и дальше продолжал бы успешно служить на военно-судебном поприще, если бы не допустил одну серьезную политическую промашку. Министр юстиции СССР Горшенин свою просьбу об освобождении Панкратьева от занимаемой им должности мотивировал тем, что «20 декабря 1949 года на общем открытом собрании военных трибуналов и прокуратуры Прибалтийского военного округа Панкратьев в своем выступлении допустил ряд антипартийных, клеветнических и политически ошибочных высказываний».
Что же случилось на открытом партийном собрании 20 декабря 1949 года?
В тот день торжественные собрания и заседания проходили повсеместно – страна отмечала 70-летие Сталина. Вначале все шло хорошо. Панкратьев в своем выступлении, отдавая должное вождю, сказал, что Сталин далеко предвидел вперед, глубоко анализировал события и делал выводы, всегда ставил предельно ясные вопросы. А потом вдруг простодушно стал рассказывать о том, о чем следовало бы умолчать. Говоря, например, о методах ведения следствия, Панкратьев, со ссылкой на Сталина, заявил, что вполне допустимо применение физического воздействия в отношении обвиняемых в контрреволюционных преступлениях. Далее, опять же ссылаясь на вождя, он объяснил причину фактического запрещения досрочного освобождения осужденных – закон о досрочном освобождении плохой, так как приговор должен быть устойчивым и выполняться полностью.
Панкратьев