иноки его явили пример, достойный благодарной памяти потомков, пример верности вере своей православной и Отечеству.
В конце дека6ря 1608 года, когда Кострома оказалась в руках польских интервентов, иноки Богоявленского монастыря решили скорее пожертвовать своей жизнью, но не покориться захватчикам. Лишь после осады и штурма монастырь был захвачен и разграблен. Одиннадцать его иноков приняли мученическую смерть.
О том, насколько известным и значительным был Богоявленский монастырь в России того времени, говорит хотя бы тот факт, что при избрании на царство Михаила Федоровича Романова в феврале 1613 года на Московском Земском соборе присутствовал и подписался под избирательной грамотой в числе других выборных и настоятель этого монастыря игумен Арсений.
XVII век для Богоявленского монастыря стал временем каменного строительства. Деньги на строительство прислали многие, но главными жертвователями были: бояре Салтыковы, мать царя Михаила – инокиня Марфа, его отец – патриарх Филарет и другие патриархи московские и всея Руси…
В 1610 году была воздвигнута каменная церковь во имя Св. Иоанна Богослова, которую освятил сам патриарх Гермоген – будущий священномученик.
В начале того же столетия к Богоявленскому собору были пристроены каменные галереи, затем воздвигнуты Трехсвятительская и Сретенская церкви, звонница с приделом в честь преподобного Сергия Радонежского – в нижнем ее ярусе – и церковь в честь святителей Михаила, Петра и Ионы – над святыми вратами обители.
Особенно украсился монастырь при игумене Герасиме. С 1542 по 1672 год, без какого-либо перерыва, возводил он, одно из другим, каменные здания. В первые шесть лет этого тридцатилетнего срока монастырь был обнесен каменной стеной семиметровой высоты. Монастырь приобрел вид крепости. Шесть башен возвышались над стеной: четыре – угловые и две – надвратные.
В 1672 году Богоявленский собор был расписан «на иждивение» боярина Петра Михайловича Салтыкова. К этому же времени относится и написание на стене юго-западной башни иконы Богоматери Смоленской, чудесно сохранившейся во время пожара 1773 года, после чего и началось ее особое почитание. Здесь сначала была построена деревянная часовня, а в 1824 году алтайским миссионером, архимандритом этой святой обители Макарием Глухаревым, на средства костромского гражданина Ф.М. Обрядчикова возведена небольшая церковь, названная в народе «Смоленской часовней».
В XVIII веке и в первой половине XIX века Богоявленский монастырь переживал пору своего упадка. Новое строительство в нем почти не велось. Лишь в 1752–1760 годах на средства генеральши Екатерины Михайловны Салтыковой в монастыре была выстроена церковь во имя Святителя Христова Николая – над гробом супруга ее Михаила Петровича Салтыкова. Сокращалось число братии, здания пустовали. С 1779 года сюда были помещены все присутственные места города, которые находились здесь до 1809 года. В 1814 году в монастырь была переведена Духовная