1991 года музей отнесен к особо ценным объектам культурного наследия России. Положением, утвержденным правительством РФ 11 июля 1994 года, музей определен как научно-исследовательское и культурно-просветительское учреждение, за ним закреплена роль головного научно-методического центра для исторических и краеведческих музеев России.
В состав музея входят филиалы: «Новодевичий монастырь», «Покровский собор», «Церковь Троицы в Никитниках», «Палаты XVI–XVII вв. в Зарядье», Музей В.И. Ленина, ансамбли Измайлова и Крутицкого подворья.
В разработке научной концепции музея, ставшей важным этапом в становлении национального самосознания, принимали участие ведущие историки России – Соловьев, Румянцев, Буслаев, Иловайский, Забелин, Ключевский. Пополнением и популяризацией собрания занимались ученые различных поколений и научных школ: Д.Я. Самоквасов, В.И. Сизов, В.А. Городцов, В.Н. Щепкин, П.О. Бурачков, А.Ф. Лихачев, А.В. Орешников, Н.П. Кондаков, Д.А. Ровинский, А.Я. Брюсов, Д.Н. Эдинг, Ю.В. Готье, М.Н. Тихомиров, Б.Н. Граков, А.В. Арциховский, А.П. Смирнов, Б.А. Рыбаков, В.Л. Янин, С.О. Шмидт и другие.
Научная школа ГИМ, как в области фундаментальных исследований, так и собственно музеологии, пользуется заслуженным авторитетом в России и за рубежом. С музеем связаны имена Е.Ф. Корша, Г.Л. Малицкого, Н.М. Дружинина, A. M. Разгона, Н.А. Ашариной, В.Н. Воронова, А.Б. Закс, Л.П. Минарик и других музеологов.
Здание ГИМ – уникальный историко-архитектурный и музейный памятник. Московская городская дума в апреле 1874 года подарила для постройки будущего музея участок земли на Красной площади. Закладка здания состоялась в августе 1875 года в присутствии имп. Александра II и цесаревича Александра Александровича. По итогам конкурса на проектирование здания музея предпочтение было отдано проекту архитектора В.О. Шервуда и инженера А.А. Семенова. Строительство музея продолжалось в течение 1875–1881 годов. В отделке залов принимали участие московские зодчие и художники И.Е. Бондаренко, А.П. Попов, И.К. Айвазовский, В.М. Васнецов и др. Планировка залов подчинена логике экспозиционного показа важнейших этапов исторического развития России. Парадные сени предваряли знакомство с экспозицией (роспись свода с «Родословным древом государей Российских» выполнена Ф.Г. Тороповым). Карнизы, наличники, мозаика пола экспозиционных залов стилистически воспроизводят детали архитектурно-художественного убранства представляемых эпох. Произведения искусства на исторические сюжеты органично дополняют это убранство: живописный фриз «Каменный век» (В.М. Васнецов), картины «Похороны руса в Булгаре» и «Святослав под Доростолом» (Г.И. Семирадский), эскиз картины «Крещение князя Владимира в Херсонесе» (Ф.А. Бронников).
В 1936–1937 годах, в связи с открытием новой экспозиции музея к 20-летию Октября, многие росписи и детали интерьеров были забелены или уничтожены.
В 1986–1997 годах ГИМ был закрыт на капитальный ремонт и реставрацию. В музее проведены инженерно-технические работы по приспособлению здания к современным требованиям музейного