Воевать пришлось в Белоруссии, в 1914 году – на Северо-Западном фронте. Получил шесть боевых наград, был ранен, произведен в чин подъесаула.
Во время жестоких боев в районе Пинских болот полк понес тяжелые потери в людях, но сотник Борис Анненков с остатками полка сумел пробиться в Гродно. Следует производство в есаулы.
В это время в казачьих и кавалерийских дивизиях начинают формироваться конные партизанские отряды для совершения рейдов и диверсий во вражеских тылах, ведения разведки. Анненков добивается назначения в подобный отряд, формируемый в Сибирской казачьей дивизии, вскоре став (в 1915 году) его командиром. Назначение тогда проводилось путем избрания наиболее авторитетного командира старшими офицерами партизанского отряда (Отряда особого назначения), состоявшего из более сотни казаков-добровольцев.
Партизанский отряд сибирских казаков отличался сплоченностью и боевитостью. Он отличился при проведении ряда операций в тылу врага, совершая диверсионные рейды через линию фронта. Анненков, произведенный в чин есаула, демонстрировал смелость и умение командовать людьми. За боевые заслуги (отличие в боях под городом Сувалки) 11 сентября 1917 года высочайшим приказом награждается почетным Георгиевским оружием. В том же году производится в войсковые старшины.
В декабре того же года Анненков во главе своего отряда прибывает на расформирование в Омск, столицу Сибирского казачьего войска. Там он отказался подчиниться приказу Совета казачьих депутатов о разоружении конно-партизанского отряда (перед этим его пытались разоружить в Орше и Пензе). Так начался его конфликт с советской властью. В результате командира партизан объявили вне закона.
Войсковой старшина уходит в подполье. В январе 1918 года он возглавляет созданную в Омске казачью организацию тринадцати. В том же месяце несколько таких небольших контрреволюционных групп, в том числе и анненковская (в нее входило уже 24 казака), на нелегальном собрании решили начать вооруженную борьбу против новой власти. Участники собрания покидают Омск и оседают в близлежащих от города казачьих станицах, в которых было неспокойно. Анненковцы укрылись близ станицы Шараповской.
В марте месяце нелегально созванный войсковой круг сибирского казачества, встававшего на сторону Белого движения, проведенный в станице Атаманской под Омском, избрал Б. В. Анненкова войсковым атаманом.
Выступление белых началось 19 марта 1918 года. Отряд Бориса Анненкова из станицы Захламинской, расположенной в шести верстах от Омска, совершил дерзкий налет на Омский казачий собор, захватив хранившиеся в нем «знамя Ермака» и знамя, врученное сибирскому казачеству в честь 300-летия дома Романовых. Стоя на санях со знаменем Ермака в руках, Анненков промчался по льду Иртыша. Он сумел уйти вместе с другими участникам налета от посланной за ним погони, уведя своих казаков в Кокчетавские степи.
«Знамя Ермака» было святыней сибирского казачества. Оно относилось к числу «простых» знамен. На одной стороне его