ханство было ликвидировано, а его территория под названием Ферганской области вошла в состав Туркестанского генерал-губернаторства Российской империи. Военным губернатором Ферганской области был назначен генерал М. Д. Скобелев, который вскоре после своего назначения двинул войска в Алайскую долину, где разгромил киргизских повстанцев и объявил о присоединении Алайской долины к Российской империи.
Ликвидация Кокандского ханства была отмечена второй наградной медалью «За покорение ханства Кокандского», которая была учреждена 26 ноября 1876 года. Она была выполнена из светлой бронзы (диаметром 28 мм) и носилась на той же ленте – Георгиевско-Владимирской, как и за Хивинский поход. Медалью (7500 экз.) были награждены все военнослужащие, вплоть до нестроевых, Туркестанского края, в том числе и волонтеры, которые принимали участие в покорении Кокандского ханства. Этой же медалью поощрялись и гражданские чиновники разных ведомств, а также священники, медицинские работники, местные джигиты, находившиеся при войсках. В 1911 году по указу императора Николая II раненные и контуженные в боях получили возможность носить эту медаль на ленте с бантом.
Одним из самых тяжелых испытаний для русских войск в ходе завоевания Средней Азии были осада и штурм крепости Геок-Тепе в Хиве. Дважды в 1877–1879 гг. русские войска пытались завладеть Ахал-Текинским оазисом с целью взять сильнейшую крепость и покорить Туркмению. Но каждый раз терпели поражение. Только через два года новая экспедиция под командованием генерала М. Д. Скобелева начала планомерное наступление в глубь Туркмении. В мае 1880 года 13-тысячный русский отряд с 79 орудиями вышел из Красноводска и, перевалив Небит-Даг, двинулся на Геок-Тепе. Его сопровождал караван в 10 тысяч верблюдов с продовольствием и снаряжением. Под палящими лучами солнца армия двигалась медленно. По ночам на отдыхающий караван текинцы предпринимали смелые боевые набеги, но такую огромную силу нельзя было остановить. Текинцы вынуждены были отступить и принять бой в Геок-Тепе. В крепости укрылось почти все население Ахал-Текинского оазиса, вооруженное пятью тысячами ружей и тремя орудиями. 12 января 1881 года, подорвав стены, 7 тысяч русских солдат бросились на штурм, и крепость была взята. Но эта победа досталась дорогой ценой – потери составили до 2,5 тысячи солдат и офицеров. Через неделю М. Д. Скобелев без сопротивления занял Ашхабад, а затем и другие соседние селения туркменов.
В память успешного похода и взятия главной цитадели Ахал-Текинского оазиса 19 февраля 1881 года указом императора Александра II были учреждены три медали: «За взятие штурмом Геок-Тепе 12 января 1881 года» – золотая (3 экз.), серебряная и бронзовая. Вручались они награжденным на ленте ордена Святого Георгия Победоносца для ношения на левой стороне груди. Серебряной медалью (отчеканено 11 301 экз.) были награждены все чины армии – как строевые, так и нестроевые, – а также волонтеры, которые принимали непосредственное участие в осаде и