С ряда фундаментальных работ Линнея ведётся отсчёт таксономической номенклатуры в ботанике и зоологии.
В своих онтологических основаниях «ранняя» линнеевская парадигма является умеренно реалистической, хотя Линней и исповедует Лейбницев принцип непрерывности («Природа не делает скачков»: Линней, 1989, § 77), составляющий основу номинализма в схоластике вообще и в систематике в частности (см. 3.2). Базис этой онтологии составляют естественные группы низшего ранга – виды и роды. Первые естественны, потому что происходят от форм, изначально созданных Творцом (§ 157); вторые естественны, потому что они произведены сходными по строению естественными видами (§ 159). На этом основании можно полагать, что для Линнея виды первичны относительно родов и в определённом смысле фундаментальнее их (Скворцов, 1967, 2005; Павлинов, 1996а). Впрочем, есть основания предполагать противоположное соотношение: данное мнение отчасти оправдано тем, какое значительное внимание уделяет Линней рассмотрению именно родов (Cain, 1956, 1959с; Ereshefsky, 1997). Во всяком случае, в «Родах растений» Линней повторяет вслед за Чезальпино (см. 3.4), что «если перепутать роды, неизбежно перепутается всё» (цит. по: Линней, 1989, с. 94). Как бы там ни было, утверждением объективного (реального) статуса вида Линней решительно порывает с аристотелевой (схоластической) традицией и закладывает фундамент для последующей естественно-научной трактовки этой категории.
В отличие от естественных видов и родов, которые – «всегда творения Природы… класс и порядок – <творения> Природы и искусства» (§ 162), при этом порядок более произволен, нежели класс (§ 205). Тем не менее, по мере изучения «искусственные классы замещают естественные» (§ 160), которые, надо полагать, в идеале также представляют собой творения самой Природы. Во всяком случае, в предисловии к «Классам растений» Линней пишет, что естественный класс объединяет растения, связанные сродством и согласующиеся по общему облику (Cain, 1958, 1995). Поэтому утверждение М. Ерешефского (Ereshefsky, 1997, 2001b), что Линней предполагает разную онтологию видов, родов и классов, едва ли полностью справедливо. С одной стороны, не принимает во внимание проводимое Линнеем различение Естественной и искусственной систем, с другой стороны, «поздний Линней» в сущности уравнял онтологию низших и высших категорий, приписав всем им статус созданий Творца. При этом в последнем прижизненном издании «Системы природы» (1766 г.) он утверждал, что сначала Творец создал немногие «растения-классы», затем умножил и детализировал их до «растений-порядков» – и далее довёл план творения до многих родов и видов (Бобров, 1970; Stafleu, 1971). Очевидно, здесь неявно присутствует идея Платона об эманации Единого.
По Линнею, Естественная система включает (по тавтологии) естественные группы, которые распознаются по их «естеству» – сущностным свойствам. Это недостижимый идеал – то, к чему стремится ботаника, по мере приближения к ней пробелы между естественными группами должны заполняться. Её можно уподобить географической карте, в которой растения размещены согласно их взаимному общему сродству (§ 77; см. 3.6.2). В отличие от этого, искусственные