Немалую роль сыграло убийство царевича Дмитрия. Соловьёв пришел к заключению, что в записях современников об убийстве царевича людьми Годунова нет противоречий, тогда как следственное дело об убийстве царевича выглядит подозрительно.
Н.И. Костомаров оставил исторический портрет Годунова в «Русской истории в жизнеописании ее важнейших деятелей» (1873–1888). Костомаров ценит ум и целеустремленность Бориса, но, вслед за Белинским, отмечает его ограниченность как правителя: «Ничего творческого в его природе не было. Он неспособен был сделаться ни проводником какой бы то ни было идеи, ни вожаком общества по новым путям… Всему хорошему, на что был бы способен его ум, мешали его узкое себялюбие и чрезвычайная лживость, проникавшая всё его существо, отражавшаяся во всех его поступках». Историк уверен, что Годунов убил царевича Дмитрия и издал закон, отменяющий Юрьев день.
Историки начала XX в. о Годунове. В трудах историков начала XX в. – В.К. Клейна, В.О. Ключевского и С.Ф. Платонова – наметилась переоценка личности Годунова. Клейн по расположению пятен от воды на листах Угличского следственного дела восстановил их порядок и установил, что рукопись ни в какой части не фальсифицирована. Ключевский в лекции о Годунове в «Курсе русской истории» назвал один из разделов «Толки и слухи про Бориса». Он пишет о зыбкости доказательств сторонников и противников убийства царевича Дмитрия. В летописных сказаниях вроде нет противоречий, каких полно в следственном деле, но и тут сомнение: уж больно неосторожно ведет себя Борис. Неудачные попытки отравления царевича сменяются неуклюжим убийством. Мало похоже на умного Годунова и мастера своего дела Клешнина. Как бы то ни было, заключает Ключевский, Рюрикова династия «вымерла нечисто, не своею смертью».
Больше расположен к Годунову Платонов. Историк исходит из ключевого вопроса о причастности Бориса к смерти царевича: «Если Борис – убийца, то он злодей, каким рисует его Карамзин; если нет, то он один из симпатичнейших московских царей». Платонов показал, что все редакции сказаний об убийстве царевича Дмитрия написаны после его канонизации (1606), т. е. намного позже его гибели (1591). При этом «Иное сказание», очень влиявшее на позднейшие компиляции, вышло из лагеря Шуйских, врагов Годунова. Но были авторы, вообще не упоминающие о смерти Дмитрия.
По мнению Платонова, Бориса можно обвинить, если будет доказано хотя бы одно из следующих положений: 1) исключено самоубийство Дмитрия или подложность следственного дела; 2) доказана возможность предвидеть, что у Фёдора не будет детей; 3) исключены все другие лица, заинтересованные в убийстве царевича. До разрешения этих вопросов обвинение Бориса стоит на шаткой почве: «Он перед нашим судом будет не обвиняемым, а только подозреваемым; против него очень мало улик». Платонов явно симпатизирует Годунову: «По мерке того времени, Борис был очень гуманной личностью, даже в минуты самой жаркой его борьбы с боярством: “лишней крови” он никогда не проливал, …сосланных врагов приказывал