Наивысшим должностным лицом был представитель короля Испании в Акапулько. Он также имел титул генерал-лейтенант побережья Южного моря и нес персональную ответственность за все части и подразделения военно-морского флота Испании на всем тихоокеанском побережье. Личный состав гарнизона, постоянно расквартированного в порту, варьировал от сорока до ста солдат с двумя или тремя офицерами. Во время же прибытия и нахождения в порту манильских судов численность гарнизона увеличивалась до двухсот или более солдат. В начале XVIII столетия в городе также действовала гражданская милиция, которую набирали из негров, мулатов и китайцев крепкого телосложения и по расовым признакам делили на группы.
Порт Зихуатенейо, также известный как Чекетан – хорошо защищенная гавань к западу от Акапулько, – совсем не использовался испанцами. И в колониальный период здесь не было никаких поселений. Это обстоятельство позволило пиратам превратить гавань в удобное место для кренгования своих судов, пополнения запасов воды и древесины, а также ожидания прибытия манильских судов. (Фаннелл в «Вояже вокруг света» говорит о поселении в Зихуатенейо, состоящем из сорока домов, но к тому времени, когда Ансон посетил это место в 1742 году, поселения там уже не было.)
Следующим, находящимся недалеко от устья реки Бальзас (или реки Мекскала), был порт Закатула. В 1522 году Кортес построил там судовую верфь, вокруг которой начало расти испанское поселение, но несколько лет спустя люди покинули его. Это место было малопригодным для якорной стоянки судов, поэтому они редко заходили в него. Между Закатулой и Колимой была расположена область Мотинес, которая обезлюдела после раннего периода добычи золота с 1523-го по 1535 год.
Порты-близнецы Сантьяго и Салагуа находятся в северной части залива, который сейчас носит название Мансанильо. Поселение, возможно основанное в Салагуа до 1527 года, вскоре было покинуто людьми, тем не менее, две просторные и хорошо защищенные гавани активно использовались испанскими исследователями и ловцами жемчуга. На берегах залива Салагуа имелся ручей с пресной водой, и там же брали свое начало дороги, ведущие к городам Гвадалахара и Колима, а в северо-западном направлении – к порту Навидад. Обе гавани зачастую служили убежищем для манильских галеонов. А к середине XVII столетия манильские суда, плывущие с востока в Акапулько, стали регулярно заходить в Салагуа, хотя позднее предпочтение стали отдавать порту Навидад. Алькальд-мэр Колимы держал там сторожевой пост, который постоянно снабжался свежими фруктами для людей, пораженных цингой и сошедших на берег после нескольких месяцев утомительного плавания. Если не считать наблюдательного поста и случайных рыбаков, заходивших в залив, берега Салагуа в течение всего колониального периода были необитаемы, но они довольно активно использовались манильскими галеонами для доставки и разгрузки контрабандных товаров, ввозимых с Востока. Современный порт Мансанильо начал развиваться лишь с середины XIX столетия. Колима