В то время только небольшие русские силы всего в полторы тысячи человек под командованием генерала Черняева вступили в Западный Туркестан. Ташкент, а затем и часть Кокандского ханства (Ферганская область), защищал Aлимкул – главнокомандующий Худояр хана, который послал своего друга Бузург Ходжу в Кашгар на помощь своим единоверцам. Ходжа в то время занимал должность куш-беги21, то есть комиссара полиции, в Пскенте, в сорока километрах от Ташкента. Он взял с собой кокандского военачальника Якуб Бека, который в молодости был бача или танцевальным мальчиком, вроде мужского гейши, в чайхане. Вся сила их группы, которая вторглась в Кашгарию, состояла из шестидесяти шести воинов, но к ним присоединились беженцы из Ферганы и недовольные местные кашгарцы. Город Кашгар сдался без сопротивления. Это было в 1865 году, через год после того, как генерал Черняев взял Ташкент. Затем они осадили Янги Шаар, место амбаня или китайского губернатора, но взять крепость удалось только после предательства Хо Далая, который командовал гарнизоном. Он вступил в тайную переписку с Якуб Беком, и предложил сдать крепость и принять ислам, если ему, семье и слугам будет гарантирована безопасность и сохранят его имущество. Завершив сделку с Якуб Беком, Хо Далай послал весть амбаню. Амбань, шокированный изменой своего подчиненного, взорвал крепость и погиб в руинах вместе со своей семьей. Последователи Хо Далая, с тремя сотнями китайских и дунганских солдат, образовали как бы свиту Якуб Бека, и пользовались его покровительством и свободой. Но остальной город был отдан на семь дней солдатам на мародерство. На месте старой крепости амбаня, Якуб Бек построил себе урда или цитадель, и женился на дочери Хо Далая. Главнокомандующий войском Бузург Ходжа после таких быстрых и блестящих успехов расслабился, предался всем удовольствиям жизни и вел разгульную жизнь в своем гареме. Конечно же, он был легко свергнут Якуб Беком и брошен в тюрьму, но позже ему позволили вернуться обратно в Коканд – редкий случай помилования при азиатских обычаях.
Якуб Бек вскоре становится бесспорным хозяином всего Восточного Туркестана от Гоби до Тянь-Шаня. Он принимает титул эмира Мухаммеда Якуб Хана, Эмир-аль-мусульман – главный из истинно верующих. Он стал также называть себя Аталыком, то есть, защитником веры. Он признал султана Турции своим духовным защитником и просил разрешения от его имени издавать указы и помещать его имя на монетах.
Появление нового мощного мухаммеданского государства в Центральной Азии возбудили незамедлительное внимание в Лондоне и Санкт-Петербурге, и с обеих сторон были сразу отправлены посольства. Британцы преувеличивали значение Якуба Бека. Они относились к нему как к могущественному правителю обширной страны, подобной в свое время стране Тамерлана, но в глазах россиян он был только сартским авантюристом. В то время русские презрительно относились к ханам Коканда и Хивы и эмиру Бухары.
В России