1855 года архиепископ Иннокентий прибыл в осажденный Севастополь. На следующий день он отслужил в городском соборе литургию. Храм не мог вместить всех желающих, и поэтому после службы на большой площади, наполненной солдатами, матросами, офицерами, сестрами милосердия и немногими оставшимися горожанами, владыка отслужил молебен.
«Дорогие братья и сестры, – обратился он к ним со словом после молебна. – Не поучения говорить вам мы прибыли сюда. Нет, мы явились учиться у вас, славные защитники града, как исполнить заповедь Христа Спасителя. По всему лицу земли русской нет ни одного сына Отечества, который бы в настоящее время не превитал мыслью с вами, мужественные защитники Севастополя, который бы не скорбел вашими скорбями, не болезновал вашими ранами, равно как не радовался бы о ваших успехах, не хвалился бы вашей твердостью и мужеством. Тем паче мне, как духовному пастырю страны сей, хоть и недостойному, невозможно не присутствовать всегда с вами духом, верою и молитвою и не разделять от души всего, что происходит с вами: и радостного, и печального… Вы слава России, утешение ее монарха, радость Святой Церкви, предмет удивления для самих врагов и всего света!».
Владыка Иннокентий решил было отправиться на бастионы, дабы благословить всех севастопольских героев, но его не пустили под пули врага. Он пробыл в городе несколько дней, освятил несколько икон и вручил их пришедшим с бастионов солдатам и матросам. В августе 1855 года владыка Иннокентий со всей Россией печалился оставлению Севастополя. Относительно почетный мирный договор, заключенный в Париже в апреле 1856 года, оказался слабым утешением.
Между тем в эти годы в Одессе заканчивается строительство кафедрального Спасо-Преображенского собора, при содействии владыки открываются Бахчисарайский скит и Котлярезская пустынь близ Керчи. В свет выходили книги архиепископа
Иннокентия, публиковались его проповеди (полное их собрание вышло в 1900–1901 годах и составило 12 томов).
Владыка Иннокентий делил с митрополитом Филаретом (Дроздовым) славу первого русского проповедника. Их творения многие сравнивали и отмечали, прежде всего – преимущественное обращение святителя Филарета к сюжетам Библейским, а святителя Иннокентия – к образам природы. То это мир растительный – цветы и деревья, то это экватор, море, небесный свод, солнце; в проповедях упоминаются то электричество, то магнетизм, то вулканы. «Научились ли мы, – вопрошал проповедник, – подобно волхвам, читать волю Божию в явлениях видимой природы, слышать глас неба и в так называемых естественных событиях?» Он говорил о «храме природы, доселе полном иконами, как при начале мироздания» и о силе, которая «водрузила над главами нашими солнце и рассыпала мириады звезд», для него вся природа полна славы Божией (59, с. 176).
Анализируя проповеди святителя Иннокентия, В. П. Зубов отмечал, что у него «все полно некоей безотчетной тревоги и таинственного беспокойства… Характерным для Филарета был тихий и властный голос, более властный,