1829 г. Он был похоронен на кладбище Монпарнасе, но могила его, к сожалению, не сохранилась. Библиотека, рукописи Ламарка и оставшиеся коллекции, в основном, беспозвоночных животных, были распроданы.
В честь Ламарка был назван ряд родов растений: Monetia и подсем. Monetioideae (сем. Salvadoraceae), Markea (Solanaceae), Lamarchea (Myrtaceae), Lamarckia (Poaceae). Oenothera lamarckiana (Onagraceae) была исходным материалом, на изучении которого Де Фриз сформулировал свою мутационную теорию.
Еще при жизни Ламарка французское общество забыло о нем. Ландрю (Landrieu, 1909) назвал это заговором молчания, который продолжался и после смерти Ламарка. На то были политические причины, связанные с набиравшими силу консервативными настроениями наполеоновской эпохи и последовавшей за этим реакцией в период реставрации. Но дело упиралось не только в политику. При всех достижениях Ламарка в его творчестве было много такого, в том числе и ошибочного, что не могло быть принято его современниками. Здесь и упорное нежелание Ламарка порвать со своей теорий вещества, непонятой его современниками, и его теоретический догматизм – чрезмерная уверенность в силе своих теоретических построений, что наиболее заметно проявилось в его метеорологических работах и в гидрогеологии. Оборотной стороной этого было пренебрежение эмпирическими материалами, какими, например, в области геологии были данные о вулканическом происхождении многих минералов.
Но конечно, многие не могли принять и простить Ламарку его материалистические взгляды. Даже те, кто симпатизировал Ламарку, настраивались на критический тон, когда заходила речь о его эволюционных воззрениях. В теории Ламарка, объясняющей каким путем шло становление органического мира, включая и самого человека, не нашлось места для Бога. Общество было достаточно религиозным и не было готово принять теорию Ламарка без возражений. Те, кто не считал возможным критиковать Ламарка по существу, выдвигали морально-этические соображения. Так, Латрейль, ученик Ламарка и его преемник на профессорской должности в Музее говорил: «Если даже мы ошибаемся, мы не покушаемся на наши иллюзии, не стараемся их уничтожить, поскольку они скорее полезны для общества, чем вредны, они делают нас счастливыми и в них мы находим утешение в нашем полном трудностей движении по жизни» (цит. по: Burkhardt, 1970, р. 188).
Существенно, что появившаяся через 50 лет после «Философии зоологии» теория эволюции Ч. Дарвина не воспринималась как тотальная материалистическая доктрина, отрицающая идею Творца. Что утверждал Дарвин? По нему, организмы подвергаются случайным наследственным изменениям, среди которых могут оказаться удачные, дающие получившим их организмам большие шансы выжить. Что организмы изменяются, об этом было известно задолго до Дарвина. Поэтому, то, о чем говорил Дарвин, в общем, не могло вызвать серьезных возражений среди мыслящих людей. Для этого просто не было научных оснований. В то же время для верующих ученых теория естественного отбора не закрывала других возможностей, если им казалось, что на основе случайности нельзя объяснить происхождение сложных морфологических структур и сложных