ряду преступлений Годунова особо стоит убийство отрока-царевича Димитрия в Угличе. Известно, что по церковным канонам седьмой брак Грозного был незаконным (Церковь подтвердила незаконность уже четвертого его брака).
Мария Нагая поэтому не называлась царицей. Тем не менее при отсутствии собственных детей у царя Феодора отрок Димитрий оставался единственным его наследником. Поэтому он препятствовал Годунову в его планах по смерти царя Феодора самому занять престол. Исходя из методов Годунова по ликвидации своих соперников и применяя известный принцип при расследовании преступлений: «Кому это выгодно?» – можно с большой достоверностью предположить, что инициатором убийства царевича Димитрия был Борис Годунов. Комиссия по расследованию, посланная Годуновым и возглавляемая князем Василием Шуйским, дала ложное заключение о случайном самоубийстве царевича и обрушила репрессии на свидетелей – жителей Углича, многие из которых были сосланы в Сибирь. Святость царевича Димитрия, как страстотерпца, была позднее подтверждена нетлением его мощей и чудесами, чего не могло быть с самоубийцей.
Беспощадная борьба за власть, коварство и жестокость не мешали Годунову быть государственно мыслящим деятелем, волевым и энергичным, проницательным и осторожным политиком. Отрицательные нравственные качества совмещались у него с положительными деловыми способностями. Время его правления отмечено несомненными успехами во внутренней и внешней политике государства.
Его инициативе и настойчивости Русская Церковь обязана установлением патриаршества и, что еще более важно, – признанию своей автокефалии со стороны Константинопольского и других восточных патриархов. Известно, что Московская автокефалия, самопровозглашенная в 1449 году, не была признана в Константинополе, и в течение более ста лет отношения с этим патриархатом были прерваны. Признание московского патриаршества и участие патриарха Иеремии в интронизации первого Московского патриарха Иова означали также признание автокефалии Москвы, как самостоятельной национальной поместной Церкви. Это было результатом долгих трудов русской дипломатии, возглавляемой Борисом Годуновым, хотя, продвигая в патриархи преданного ему Иова, он имел при этом свои виды.
К успехам внутренней политики Годунова принадлежит и общее замирение России, оставшейся после Грозного в плачевном опустошенном состоянии. При нем отмечался подъем хозяйства, наполнение казны, увеличение войска, строительство новых крепостей и городов.
Во внешней политике успехи тоже были значительны: возвращение утраченного при Грозном побережья Финского залива (от Невы до Нарвы), окончательное завоевание Сибирского царства, закрепление в Поволжье и в низовьях Терека, продвижение далее на юг «засечной черты», прекращение крымских набегов. Важным успехом дипломатии Годунова было продление перемирия с Польшей до смерти воинственного короля Стефана Батория, первое принятие в подданство