Феофила он был избран на архипастырский престол; это было в 412 году.
Святой Кирилл стал с величайшим усердием выполнять возложенные на него обязанности и с твердостью стоял за догматы истинной веры; в это же время было много смут и несогласий – то от последователей лжеучений, то от евреев, которые из ненависти к христианам старались производить беспорядки в городе. Вскоре после избрания своего во епископа Кирилл изгнал из города новациан, или последователей Новациана. Этот раскол возник еще в III столетии при гонении Декия. Тогда некоторые христиане, страшась мучений, согласились принести жертвы богам; но потом, раскаявшись, были вновь приняты в Церковь. Римский священник Новациан стал утверждать, что тех, которые раз отреклись от веры, не следует уже никогда принимать в Церковь, как бы искренне и глубоко ни было их раскаяние. Он восстал против папы Корнилия, тогда избранного на Римский престол, сам провозгласил себя епископом и с некоторыми последователями, между которыми находился Новаций из Карфагена, отделился от Церкви. Лжеучение его распространилось и, развиваясь, сделалось несколько сходным с учением фарисеев. Новациане, гордясь строгостью своих правил и мнимым своим превосходством над другими, считали одних себя чистыми и непорочными; в знак своей чистоты душевной носили белое одеяние, презирали других и не признавали силы раскаяния в грешнике вопреки учению Иисуса Христа, милостивому к кающимся. Так как они учением своим смущали жителей Александрии, Кирилл изгнал их. Эта мера возбудила против него негодование очень многих. Вслед за этим он изгнал евреев, которые, произведя в ночное время тревогу, умертвили множество христиан. Тогда и епарх Орест вошел в число врагов епископа и принес на него жалобу императору. Произошли смуты в городе. Монахи нитрийские, боясь, как бы епископ не подвергся опасности, пришли в Александрию на помощь ему. Один из них ранил епарха и был казнен. Это еще более увеличило смуты. В это время жила в Александрии девица по имени Ипатия, уважаемая всеми за ученость и добродетельную жизнь. Она была дочь философа Феона и сама преподавала философию. Она вышла из дома своего, чтобы примирить враждовавших; но разъяренная толпа, бросившись на нее, умертвила ее. Все эти смуты и беспорядки вызвали самые строгие меры против жителей Александрии.
Беспорядки в городе утихли, но вскоре возникли новые смуты, волновавшие довольно долго мир Церкви. Несторий, патриарх Константинопольский, человек умный, красноречивый, но самонадеянный и гордый, стал проповедовать, что Иисус Христос родился не Богом, а простым человеком, что Божество соединилось с Ним после, за святость Его жизни, и что потому Пресвятую Деву Марию не следует называть Богородицей. Это новое учение возбудило много споров. Несторий защищал свое мнение и разослал проповеди свои в большом количестве по разным странам, городам и монастырям. Кирилл был крайне огорчен этим извращением истины и почел непременным долгом твердо и ревностно стоять за истину. Видя, что ересь распространяется, он написал увещательное послание к Несторию и письма к императору Феодосию Младшему, сестре его Пульхерии, папе Целестину