что желание остаться в столице и привело Э. Е. Арнгольда на службу в Морское ведомство, куда он был определен 1 марта 1899 г. на должность младшего врача 4-го флотского экипажа с производством в чин титулярного советника[15]. Но вместо спокойной службы недалеко от столицы новоиспеченному флотскому лекарю предстояли годы дальних и интересных плаваний.
20 июня 1899 г. он был назначен в плавание на эскадренный броненосец «Полтава». В этот период недавно построенный корабль проходил различные испытания, а осенью 1900 г. он ушел на Дальний Восток и прибыл в Порт-Артур 30 марта 1901 г.[16] После возвращения оттуда, 19 августа 1902 г., Арнгольда прикомандировали к Морскому госпиталю Порта Императора Александра III для исполнения ординаторских обязанностей. С 28 апреля по 4 августа 1902 г. он плавал на учебном судне «Воин». В следующем году он впервые попал на Север – 8 февраля 1903 г. Э. Е. Арнгольда перевели на кампанию 1903 г. на транспорт «Бакан» судовым врачом (1 марта 1903 г. он получил чин коллежского асессора за выслугу лет). Плавание продолжалось с 18 февраля по 16 ноября 1903 г. «Бакан» с 1897-го по 1914 г. осуществлял крейсерство в водах Северного Ледовитого океана, являясь единственным военным кораблем России на этом театре (весной – в начале лета он приходил с Балтийского моря, а осенью возвращался туда же). Помимо решения непосредственных задач по охране морских богатств (выполнение которых, по свидетельству современников, транспорт обеспечивал с трудом), офицеры и команда корабля занимались гидрографическими исследованиями и съемкой берегов[17]. На «Бакане» в разные годы довелось послужить многим офицерам – участникам полярных экспедиций (в том числе и ГЭСЛО). После возвращения из плавания, 19 ноября 1903 г., Арнгольд был вновь прикомандирован для занятий к Морскому госпиталю Порта Императора Александра III.
С началом Русско-японской войны 1904–1905 гг. 4 февраля 1904 г. Эдуард Егорович был назначен в плавание на суда Тихого океана. Во время этой войны Э. Е. Арнгольд участвовал в обороне Порт-Артура, будучи судовым врачом минного заградителя (по терминологии того времени – транспорта) «Амур», крейсера 2-го ранга «Забияка», заведующим II санитарным отрядом, лазаретом «Амура» на дачных местах (район Порт-Артура)[18]. Минный транспорт «Амур» принимал активное участие в морских операциях во время обороны крепости. Он и однотипный «Енисей» (погибший 29 января 1904 г. на собственном минном заграждении) считались лучшими в мире минными заградителями специальной постройки. «Амур» провел семь минных постановок, выставив 439 мин. На его заграждениях противник потерял два броненосца, посыльное судно, истребитель и миноносец. 3 июня 1904 г. «Амур» наскочил на камень и получил повреждения (был затоплен ряд отсеков)[19]. Ремонтировать корабль не стали в связи с недостатком мин в Порт-Артуре, и в дальнейшем он использовался как база траления, а часть его личного состава перевели на сухопутный фронт[20]. Там же был развернут судовой лазарет. Во время одного из обстрелов, находясь на борту «Амура», Э. Е. Арнгольд