в чекистской работе по военной линии было непросто.
Кедров понимал, что левацкие заявления некоторых ответственных работников о необходимости упразднения ВЧК не только глубоко ошибочны, но и крайне опасны, так как играют на руку врагам.
Кедров был достаточно информирован о том, что разведки Англии, Франции и США, опираясь на внутреннюю контрреволюцию, развертывали против Советской России интенсивную разведывательно-подрывную работу, одним из главных объектов которой была молодая Красная армия.
Комплектование Военного отдела ВЧК проходило не без трудностей. Сказывалась нехватка надежных и опытных кадров. Получил назначение в этот отдел и А. X. Артузов, инженер-металлург по образованию. Он не без основания считал себя учеником Кедрова. Был знаком с ним с гимназической поры, под его личным влиянием пришел в революцию. Он возглавил особое бюро при Московском окружном военном комиссариате. Это чекистское подразделение участвовало в проверке бывших офицеров до зачисления их на службу в части и учреждения Красной армии. Во второй половине декабря 1918 года в Военном отделе ВЧК было создано военно-регистрационное бюро, которое приступило к регистрации бывших офицеров.
Деятельность ЧК на фронтах и в армиях встречала подчас возражения со стороны комиссаров, создававшихся в тот период армейских политических органов. В таком реагировании сказывались в определенной мере последствия и отзвуки необъективных суждений о чекистской работе в ходе дискуссии о ВЧК. Так, деятельности Кедрова противостояли с одной стороны враги, а с другой – свои.
В первый период своего руководства Особым отделом ВЧК Кедрову пришлось столкнуться с открытым саботажем медицинских работников. В начале 1919 года по всей стране была объявлена мобилизация медицинского персонала для отправки на фронт. Эту мобилизацию некоторые медицинские работники встретили в штыки. Под разными предлогами они не являлись на медкомиссии для освидетельствования или предъявляли «документы», освобождающие от призыва в армию за «непригодностью». Такой «документ» в те времена нетрудно было купить на Сухаревском рынке. В середине мая 1919 года группа работников Особого отдела ВЧК во главе с М. С. Кедровым была направлена в Петроград, с заданием обезвредить силы внутренней контрреволюции, связанной с иностранными миссиями. Незадолго до этого были подавлены восстания на фортах Серая Лошадь и Красная Горка. Для проведения этих операций Кедров имел мандат от Дзержинского, дававший ему широкие полномочия. В состав группы входили работники следственного органа Особого отдела ВЧК Владимир Дмитриевич Фельдман, Иоган Фридрихович (Иван Федорович) Тубала, старший сын Кедрова Игорь Михайлович и несколько латышских стрелков. Позднее в Петроград приехал заместитель Кедрова по особому отделу Иван Павлович Павлуновский. Вся работа группы осуществлялась через Петроградскую ЧК, которую возглавлял тогда Филипп Демьянович Медведь (все вышеуказанные чекисты