Ринсо Аоти (1775—1833 гг.) – «Общая физика», по химии – «Основы экспериментальной химии» Йоан Удагава (1796—1848 гг.). В области ботаники Якусуй Ино (1655—1715 гг.) составил классификацию видов растений; Экикэн Кайбара (1630—1714 гг.) написал труд «Растения Японии»; Рандзан Оно (1729— 1810 гг.) – автор работ по систематике; Йоан Удагава написал книгу «Основные знания по ботанике». Ясусада Ясудзаки (1623—1697 гг.) написал 10-томное сочинение по агрономии. Первую попытку анатомирования человека сделал Тоё Ямаваки (1705—1763 гг.), составивший труд «Атлас внутренних органов человеческого тела».
Однако наука в том виде, в каком она существовала до периода Мэйдзи, не представляла собой каких-либо систематизированных знаний. Учитывая отставание страны в области культуры, правительство приняло радикальные меры к его ликвидации. Наряду с детальным изучением достижений науки в Европе и Америке переводились и распространялись книги, имеющие практическое значение. Для работы в Японию были приглашены учёные из европейских стран, в том числе и из России. В целях создания собственных научных кадров было послано на учёбу за границу большое число молодых людей. В стране открылись университеты: в Токио (1877 г.), в Киото (1897 г.), в Фукуока (1910 г.) и др. В 1879 г. была создана Японская академия наук в Токио.
В конце 19 – начале 20 вв. японские учёные достигли значительных успехов. Физик X. Нагаока занимался исследованиями в области магнитных отклонений. В 1903 г. он опубликовал работу «Модели атомов». В области теоретической физики важны работы Ёсио Нисина, X. Юкава, Синитиро Томонага и других.
Наиболее ранним философским текстом в Японии является начальный раздел «Трактата о десяти обиталищах сердца мистической мандалы – океана добродетелей» («Химицу мандарадзюдзю синрон»), написанного Кукаи (774—835 гг.), основателем буддийской секты «Сингон»; здесь истолковывается природа вещей и человека, в конечном счёте – в целях отрицания её реальности. Основатель буддийской секты «Дзёдо» Хонэн (1133—1212 гг.) высказывал идеи о «самодействующей природе» и её «пути», которые он истолковывал мистически, а основатель буддийской секты «Синею» Синран (1173—1262 гг.) в сочинении «Смысл собрания выписок из текстов Юсин» («Сэйкаку», 1167—1235 гг.) писал о бесконечном «самораскрытии и саморазвитии природы», подобной «вечным течениям океана». Догэн (1200—1253 гг.) в сочинении «Хранилище воззрений правильного закона» («Сёбо гэндзо») отстаивал учение буддийской секты «Дзэн» и стремился помешать распространению материалистических идей. В 13 в. проповедью амидизма – догмы об универсальности и вездесущности Будды – выступил Нитирэн (1222—1282 гг.). В письме, известном под названием «Трактат об установлении, исправлении и умиротворении государства» («Риссё ан-кокурон»), Нитирэн апеллирует не только к синтоистской религии, но и к основам классического конфуцианства. Буддийская логика и канон преподавались монахами, назначенными правительством. Буддийская философия, как и конфуцианская