ломбардских коммун с императором Фридрихом I Барбароссой получила статус города-республики. Начался новый этап ее политического развития, отмеченный не только формированием органов государственной власти, но и социальной напряженностью, ожесточенной борьбой партий гвельфов и гибеллинов. Во главе гвельфов, сторонников папы, стояли маркизы дʼЭсте и местные феодалы; гибеллины, которыми предводительствовали представители рода Торелли, объединяли в своих рядах купечество и часть пополо. Борьба шла в первую очередь за должность подеста, связанную с широкими судебно-полицейскими правами. Длительного перевеса не имела ни одна из сторон, чем воспользовалась торговая соперница Феррары Венеция: она поддержала гвельфов, в итоге в 1240 г. у власти в городе оказался род дʼЭсте (Аццо дʼЭсте получил полномочия подеста), что позволило ей одержать экономическую победу над Феррарой. Венеция получила право свободно ввозить соль (ее добывали и в самой Ферраре), а также беспошлинно вывозить из города сельскохозяйственную продукцию, к тому же венецианские купцы не должны были уплачивать транзитные торговые пошлины. Ферраре было разрешено принимать в свои гавани только те корабли из Адриатики, которые прибывали из Венеции, тем самым она лишалась многих транзитных пошлин. Все это привело к спаду экономического процветания Феррары, ослаблению пополо и росту могущества местных феодалов. Власть дʼЭсте усилилась, когда в 1264 г. феррарцы на парламенто (общем сходе горожан) избрали Обиццо дʼЭсте, племянника Аццо, пожизненным синьором города, наделив его неограниченной властью.
Обиццо дʼЭсте (1264–1293) стал первым синьором Феррары, а его род впоследствии правил городом почти три столетия. Обиццо удалось подавить оппозицию гвельфам внутри Феррары и начать завоевательную политику: к концу XIII в. под его властью оказались Модена, Реджо и ряд небольших коммун Северной Италии. Синьория как режим правления была закреплена законодательно. Согласно статуту 1287 г. коммуна Феррары и все ее магистратуры сохранялись, но высшая власть – законодательная, судебная и военная – принадлежала синьору. По его усмотрению назначались все магистраты; ремесленные цехи и многие другие объединения горожан были упразднены, дабы избежать организации мятежей. Все эти меры оттеснили пополо от властных структур, а позиции знати, сохранившей гвельфскую ориентацию, еще больше укрепились. Опираясь на поддержку папства, Обиццо дʼЭсте сумел стать главой гвельфов всей Северной Италии.
В начале XIV в. развернулась борьба за Феррару между Венецией и папством, в ходе которой д̓Эсте на время потеряли власть, но в 1317 г. вновь ее обрели и даже укрепили, получив титул викариев папы; эта династия правила в городе до конца ХVI в., что, впрочем, потребовало от ее представителей немалых усилий. С одной стороны, уже в XIV в. синьорам дʼЭсте удалось постепенно заменить структуры коммуны бюрократическим аппаратом и произвольно увеличивать налоги. С другой стороны, рост налогов вызвал крупное волнение в городе