ноябре 1904 года с подачи Витте Кутлер был назначен товарищем министра внутренних дел. Должность воспринималась им и его покровителем как явно временная перед новым карьерным прыжком. Как вспоминал Гурко, на этом посту «Кутлер даже не приложил никаких стараний приобрести влияние на направление деятельности будто бы подведомственных ему частей Министерства внутренних дел и вполне удовлетворялся безоговорочным подписыванием всех посылаемых ему к подписи бумаг». Уже в январе 1905 года Н.Н. Кутлер стал товарищем министра финансов, а в апреле – одновременно и управляющим Дворянским и Крестьянским земельными банками. В это же время он вошел в Особое совещание о мерах к укреплению крестьянского землевладения. С назначением графа Витте премьер-министром для Кутлера открывались поистине звездные перспективы. 28 октября 1905 года он был назначен главноуправляющим землеустройством и земледелием и тем самым вошел в состав Совета министров.
Осенью 1905 года граф Витте поручил своему протеже разработку законопроектов по коренной проблеме того времени – аграрному вопросу. Комиссия Кутлера подготовила проект, который предусматривал принудительное отчуждение частновладельческих земель в пользу крестьян. По сути, это была инициатива самого Витте. При обсуждении проекта в заседании Совета министров в ответ на общее мнение присутствующих о том, что принудительное отчуждение нарушает принцип частной собственности, Витте, по воспоминаниям министра народного просвещения гр. И.И. Толстого, отреагировал: «Какие-то римляне когда-то сказали, что право собственности неприкосновенно, а мы целых две тысячи лет повторяем, как попугаи; все, по-моему, прикосновенно, когда это нужно для пользы общей». Но уже в феврале 1906 года, когда император в этом вопросе начал склоняться к правым, Витте поменял свою точку зрения. Опасаясь собственной отставки, он решил пожертвовать Кутлером. Занимавший позднее пост главноуправляющего земледелием и землеустройством князь Б.А. Васильчиков вполне справедливо считал, что Кутлер стал у Витте «козлом отпущения». В результате Н.Н. Кутлер оказался не у дел, хотя и с пенсией в 7 тыс. рублей в год.
Поспешная отставка не означала невостребованности. Кутлер стал членом правления Учетно-ссудного банка, акционерного общества соединенных заводов «Донецкий» и «Союз», членом Совета Азовско-Донского банка, а затем и председателем Общества взаимного кредита деятелей печатного дела. Он занимался публицистикой, состоял членом Литературного фонда, был одним из авторов «Нового энциклопедического словаря Брокгауза и Ефрона». Будучи заядлым шахматистом, в апреле 1914 года Кутлер председательствовал на учредительном заседании Всероссийского шахматного союза. Но основным его поприщем все же стала политика. Вероятно, Николай Николаевич, не привыкший проигрывать, сделал ставку на тех, с кем связывал будущее России.
В своих воспоминаниях С.Ю. Витте, уходя от вопроса о собственной роли в отставке Кутлера, характеризовал его