Заковав в железо бежавшего было от него бесстрашного иерея Симеона, который постоянно спорил с новым кардиналом и, ходя с ним по божницам, не хотел «приклякать» (приседать) по-латински перед изваяниями святых, Исидор торжественно вернулся в Москву в 1441 году, приказав нести перед собою большой латинский «крыж» (крест) и три серебряные палицы.
Прибыв в Успенский собор, куда собралось вместе с великим князем Василием Васильевичем все боярство и высшее духовенство, он стал служить обедню по-новому: поминать на ектении вместо вселенского патриарха папу, а по ее окончании велел читать грамоту о соединении церквей, в коей было указано, вопреки православному Символу веры, что Святой Дух исходит от Отца и Сына, что хлеб бесквасный и квасный одинаково может претворяться в тело Христово, и прочие латинские новизны. Все растерялись. «Все князи умолчаша и бояре и инии мнози…» – говорит летописец.
Не растерялся только один великий князь Василий Васильевич, обыкновенно столь уступчивый. Он назвал Исидора латинским «ересным прелестником» и лютым волком, а не пастырем, велел свести с митрополичьего стола и заключил под стражей в Чудовом монастыре.
После этого был собран собор русских епископов, которые, рассмотрев подробно дело, осудили Исидора. Вскоре, однако, он нашел случай бежать из своего заточения и пробраться к папе, при котором занял очень приближенное место. Великий князь не преследовал его, но вновь решил возвести Иону митрополитом собором наших святителей и отправил об этом письмо в Царьград к патриарху, прося иметь право и впредь ставить митрополита из русских же собором русских епископов.
Письмо его не дошло до Царьграда: в Москву скоро пришло известие о присоединении патриарха Иосифа к унии, а затем началась усобица с Шемякой; поэтому Иона был поставлен митрополитом лишь после окончательного утверждения Василия Темного на Московском столе. Сообщая о сем императору в Византию, Василий писал: «Собравши своих русских святителей, согласно с правилами, поставили мы вышеупомянутого Иону на митрополию русскую, на Киев и на всю Русь. Мы поступили так по великой нужде, а не по гордости или дерзости; до скончания века пребудем мы в преданном нам православии… Мы хотели обо всех этих делах церковных писать и к святейшему патриарху православному… но не знаем, есть ли в вашем царствующем граде патриарх или нет…»
Это было последнее письмо московского великого князя в Царьград о поставлении митрополита: с тех пор они уже всегда выбирались в Москве собранием русских епископов. Царьград же в 1453 году был окончательно взят турками.
Флорентийская уния не принесла никакой пользы византийскому императору Иоанну; известие о ней было встречено в Константинополе народным бунтом, а папа дал Иоанну всего 300 воинов и несколько десятков тысяч золотых, обещая, впрочем, созвать крестовый поход. Но его уже плохо слушали в Европе, а деятельный султан Магомет II неослабно готовился между тем к завладению великим городом. Царь Иоанн