июня Египетская экспедиция тронулась с попутным ветром в Египет, оставив на Мальте 3053 человека пехоты и 5 рот артиллерии под командованием генерала Вабуа.
Между тем, Нельсон, не найдя следов французов у Гибралтарского пролива и теряясь в догадках о назначении французской экспедиции, возвратился к берегам Италии и тщетно обыскивал итальянское побережье.
17 июня он подошёл к Неаполю, и английский посланник Гамильтон дал ему мысль, что французы могли направиться к Мальте. 20 июня адмирал Нельсон прошёл Мессинский пролив, где узнал о занятии французами Мальты.
21 июня он находился всего в 22 милях от французов, но не знал об этом и шёл на юго-запад; малейшая случайность могла привести к встрече противников; Наполеон был очень встревожен, он знал, что Нельсон будет гнаться за ним, пока не настигнет.
Генерал Бонапарт не признавал никаких правил ведения войны, выработанных столетиями.
Единственное правило, которому он следовал: обмануть противника, ввести его в заблуждение и, воспользовавшись растерянностью, нанести удар, не считаясь с потерями.
Но в данном случае это правило не работало. Французский флот, связанный тихоходными транспортами с войсками, двигался очень медленно, под воздействием переменчивого ветра постоянно меняя галс.
22 июня от коммерческого судна, встретившего накануне французов, Нельсон узнал, что они идут на восток с попутным ветром. Это утвердило его в мысли, что французы направляются в Египет и он принял немедленное решение их преследовать, для чего поставил все возможные паруса.
Судьба Египетской экспедиции висела на волоске, но счастье опять пришло Бонапарту на помощь.
Не задерживаемый транспортами, Нельсон продвигался быстрее французов.
Он взял курс прямо на Александрию и, в результате, обогнал Египетскую экспедицию и, хотя в продолжение целых суток был на расстоянии только 26 миль от неё, однако, так и не увидел.
28 июня английский флот подошёл к Александрии, но рейд оказался пуст, и никто ничего не знал о французах, которых здесь и не ждали.
Ему представилось, что именно теперь французы ведут операцию по занятию Сицилии, порученной его охране.
Не отдыхая ни минуты, английский адмирал решил возвратиться, а французская эскадра продолжала двигаться к цели.
30 июня показались берега Египта. Наконец-то генерал Бонапарт оказался в своей стихии.
В ночь на 2 июля французы начали высадку, и в тот же день Александрия, атакованная дивизиями Клебера, Бона и Мену, была занята после незначительного сопротивления.
Не задерживаясь в Александрии, Бонапарт двинулся к Каиру. В Александрии, укрепления которой были усилены, был оставлен гарнизон под командованием Клебера из 10 тысяч человек.
Одновременно из Каира навстречу французам выступили османский губернатор Египта Мурат-бей с 3 тысячами мамлюков и 2 тысячами янычар и главнокомандующий армией Египта Ибрагим-бей.
21 июля около Гизских пирамид, вблизи Каира, французская армия снова встретилась