1682 года состоялся указ об увольнении иностранных офицеров. Численность подведомственных Иноземскому приказу иноземцев была сокращена более чем в пять раз. Лефорт был оставлен на военной службе. 29 июня 1683 г. в день именин царя Петра он получил чин майора, а 29 августа того же года к именинам царя Ивана – подполковника. Ему покровительствовал начальник Приказа казанского дворца князь Борис Голицын. Он, как и его брат, отличался приязнью к иноземцам и первым «начал с офицерами и купцами иноземными обходиться». Возможно Борис Голицын, весьма близкий в то время к молодому Царю Петру, способствовал впоследствии его сближению с Лефортом. В столице он жил в своем богатом доме на берегу Яузы в Немецкой слободе. «Другого, лучше устроенного, здесь нет», – хвастался он матери. Обходительность и любезность женевца привлекали в его дом многочисленных именитых гостей. Однажды на приеме в честь национального праздника Женевской республики 12 декабря 1684 г. присутствовал князь Борис Александрович Голицын, представители русской знати и дипломаты. Вообще «московские бояре» нередко заезжали к Лефорту покурить трубку, до которой хозяин был большой охотник.
В 1685 г. полк Ф. Лефорта в составе корпуса Патрика Гордона был отправлен на Украину и принял участие в ряде стычек с крымскими татарами. Вскоре женевец был переведен в корпус генерала В. А. Змеева, где он командовал батальоном. В апреле 1686 г. Россия заключила Вечный мир с Польшей на условии возобновления военных действий против Турции и Крымского ханства. Главнокомандующим русской армией был назначен благоволивший Лефорту князь Василий Васильевич Голицын. В 1689 году после Крымских походов он был произведен в полковники.
Благоволивший иностранцам, молодой царь Петр с начала девяностых годов зачастил в Немецкую слободу. Петра привлекал там невиданный в России уклад общественной и семейной жизни, где женщины пользовались равными правами с мужчинами, были образованны и не сидели взаперти, а дети обучались в школах специально приглашенными из германских земель преподавателями.
Здесь постоянно устраивались музыкальные и театральные представления, танцы, маскарады, в которых участвовали представители всех поколений. Такой жизни молодой Петр, живший в Кремле еще не видел, и в эту атмосферу царь погрузился с головой. Одним из путеводителей его на пути знакомства с западным укладом стал 35 летний женевец Франц Яковлевич Лефорт.
Франц Лефорт. Гравюра 17 века. Художник Г. Афанасьев.
Первое посещение Царем дома Лефорта относится к 3 сентября 1690 г. С тех пор Петр часто оставался у него с обеда до вечера, а иногда и ночевал. В 1691 г. Лефорт прочно занял место царского любимца. Лефорт называл его теперь не иначе, как «notre grand empreur» – «наш великий император», что очень льстило Перу. По случаю рождения царевича Алексея Петровича женевец был произведен в генерал-майоры,