Местоблюстителю митрополиту Петру (Полянскому). Вскоре Владыка Алексий был назначен епископом Семипалатинским, викарием Омской епархии. Возможно, кафедрами в Северном Казахстане епископ был обязан своему прежнему покровителю Владыке Анатолию (Каменскому), который с 1923 г. до своей кончины осенью 1925 г. проживал в Омске при местном архиерее Викторе (Богоявленском), будучи с ним очень дружен. Большую часть своей жизни епископ Алексий прожил в Сибири, покинув ее в 33 года. Около двух месяцев он управлял Екатеринбургской епархией, а в октябре 1925 г. был назначен епископом Велижским, временно управляющим Витебской епархией и занимал эту кафедру до февраля 1926 г.
12 января 1926 г. ей. Алексий участвовал вместе с митрополитом Сергием (Страгородским) в состоявшейся в Нижнем Новгороде архиерейской хиротонии Владыки Димитрия (Любимова), с которым тогда впервые встретился. В феврале 1926 г. Владыка Алексий начал служить в Центральном Черноземье России, сначала короткое время епископом Острогожским, викарием Воронежской епархии, затем епископом Козловским, викарием Тамбовской епархии, епископом Шацким в той же епархии и вновь епископом Козловским. При этом Владыка также временно управлял Тамбовским и Кирсановским округами. В 1926 г. он в течение шести месяцев находился в заключении в московской Бутырской тюрьме.
В январе 1927 г. Заместитель Патриаршего Местоблюстителя архиепископ Угличский Серафим (Самойлович) назначил епископа Алексия одним из трех кандидатов на должность временного исполняющего обязанность Заместителя Местоблюстителя в случае его ареста. 16 февраля/1 марта 1927 г. архиеп. Серафим также назначил Владыку Алексия временно управляющим Воронежской епархией с оставлением и епископом Козловского округа. Осенью того же года ей. Алексий переехал жить из Козлова в Воронеж. Едва появившись в городе, епископ сразу привлек внимание органов ОГПУ, на него стали собирать компрометирующие материалы. Архивные документы свидетельствуют, что для ОГПУ наблюдение за архиереем и его сторонниками проходило как «агентурная разработка под названием “Стадо”». В декабре 1927 г. новый Заместитель Местоблюстителя митр. Сергий (Страгородский) назначил Владыку Алексия епископом Уразовским, викарием Воронежской епархии, но тот это назначение, видимо, не принял, так как продолжал именовать себя епископом Козловским[204].
Движение истинно-православных возникло в Центральном Черноземье России на рубеже 1928 и 1929 гг., 9/22 января 1929 г. епископ Алексий огласил в Воронеже свое послание к православному клиру и мирянам Воронежской епархии об отмежевании от митрополита Сергия (Страгородского): «Своими противными духу Православия деяниями митрополит Сергий отторгнул себя от единства со Святой, Соборной и Апостольской Церковью и утратил право предстоятельства Русской Церкви… Будучи волею Божией и благословением Заместителя Патриаршего Местоблюстителя Серафима, архиепископа Угличского, от 16 февраля (1 марта) 1927 года облечен высокими полномочиями быть стражем Воронежской Церкви