огнем артиллерии вывел в порядке полк, лично повел его в атаку и штыковым ударом выбил неприятеля из дер. Еремеевской, заставив его уйти на суда. Благодаря решительности, самоотверженности и умелому руководству тов. Афонского Вологодский полк с честью вышел из критического положения…» Затем В. Л. Афонский – и. д. инспектора пехоты штаба 6-й армии (январь – июнь 1919 г.), командир 1-й бригады 9-й стрелковой дивизии (июнь – октябрь 1919 г.), 2-й бригады (октябрь 1919 г. – июль 1920 г.) и 7-й бригады (июль – август 1920 г.) 3-й стрелковой дивизии. С августа 1920 г. начальник 1-й стрелковой дивизии Междуозерного района. С октября 1920 г. командир 1-й бригады той же дивизии. С декабря 1920 г. командир кавалерийской бригады 15-й стрелковой дивизии. В боях получил тяжелую контузию. После Гражданской войны на ответственных должностях в войсках и военно-учебных заведениях РККА. В феврале – марте 1921 г. командир кавалерийской группы. С августа 1921 г. командир 321-го стрелкового полка 36-й стрелковой дивизии. В том же месяце назначен командиром 107-й бригады той же дивизии. С сентября 1921 г. командир 108-й учебно-кадровой бригады той же дивизии. С октября 1921 г. командир 35-й отдельной стрелковой бригады Московского военного округа. С июля 1922 г. командир 14-й стрелковой дивизии. В 1922-1923 гг. слушатель Высших академических курсов (ВАК) при Военной академии РККА. С июля 1923 г. командир 2-й Туркестанской стрелковой дивизии. С августа 1923 г. помощник начальника штаба ЧОН Московского военного округа. С декабря 1923 г. командир 84-й стрелковой дивизии. Из воспоминаний генерал-полковника в отставке И. В. Болдина (в сентябре 1923 г. окончившего школу комсостава РККА «Выстрел» и назначенного командиром 252-го стрелкового полка 84-й стрелковой дивизии): «С вокзала я сразу отправился к командиру дивизии Афонскому. Это был беспартийный, но до мозга костей преданный Советской власти… Командир дивизии оказался на редкость интересным человеком. Он высказывал любопытные мысли о Красной армии и ее будущем, говорил, что советские командиры – люди совершенно новой формации, для которых воинская служба не только профессия, а жизненный долг, кровная необходимость, вытекающая из особого характера нашего социалистического государства, окруженного буржуазными странами. Затем Афонский рассказал, что 252-й полк, которым я должен командовать, пока еще существует только на бумаге. Его нужно сформировать, и как можно скорее. Командир дивизии дал ряд советов, как это лучше сделать, и, прощаясь со мной, пожелал успехов». С октября 1924 г. командир 3-й Туркестанской стрелковой дивизии. Участник боевых действий по разгрому басмаческих формирований в Средней Азии. Из аттестации за 1925 г., подписанной командиром 13-го стрелкового корпуса И. Ф. Федько: «Тов. Афонский за период командования дивизией проявил себя с положительной стороны. Сумел поднять боевую дисциплину в частях и упорядочить хозяйство. Тов. Афонский обладает большим строевым стажем, знает войсковую жизнь до тонкостей. Теоретически и практически в военном отношении подготовлен достаточно. В боевой обстановке разбирается, умеет проявить инициативу в небольшом масштабе.
