После августовского путча 1991 г. начались трения между мэром и вице-мэром (в частности, по вопросам проведения приватизации в Москве). Ситуация усугублялась тем, что отношения с Ельциным у них тоже складывались по-разному. Ельцин явно благоволил к Лужкову, которого, в бытность свою секретарем МГК КПСС привел в Мосгорисполком, а затем, уже будучи лидером оппозиции, посоветовал сделать председателем.
Кстати, указы о полномочиях мэра и исполнительной власти Москвы были подписаны Борисом Ельциным, соответственно, 30 июля и 28 августа 1991 г. Оба эти документа, по мнению наблюдателей, в дальнейшем стали для Лужкова дополнительным весомым аргументом в выяснении отношений с Моссоветом по поводу разделения прав в управлении городом.
25 ноября 1991 г. Борис Ельцин заявил в интервью «Известиям», что Гавриил Попов «физически устал», просится на другую работу, а потому весной его в кресле мэра, быть может, сменит Юрий Лужков. Представительская власть тоже продолжала атаку на Попова. В связи с этим в ноябре 1991-го ВС РСФСР включил в повестку сессии вопрос об исполнении законов в Москве и Санкт-Петербурге, то есть о всех несанкционированных парламентом мэрских новациях.
Реализации замыслов столичного мэра воспротивился и Мособлсовет, который 26 ноября официально объявил, что «в период проведения экономической реформы» задуманное Поповым административное объединение Москвы и области неприемлемо из-за неразберихи, неизбежно сопутствующей таким смелым управленческим экспериментам.
4 июня 1992 г. президент Ельцин освободил Гавриила Попова от обязанностей мэра Москвы по его собственному желанию и 6 июня проводил в отставку первого избранного главу Москвы. В соответствии с Законом «О краевом, областном Совете народных депутатов и краевой, областной администрации» отставку должен был принимать не президент, а Моссовет, но, видимо, Попову было нестерпимо иметь дело с депутатами, чувства которых к своему бывшему председателю выразил зампред комиссии по законности Виктор Кузин: «Одним уголовником стало меньше».
Тогда же «Российская газета» опубликовала тексты двух содержательных указов президента РФ Б. Ельцина (№ 564 и 565), озаглавленных «О Г. X. Попове» и «О Ю. М. Лужкове». Речь в них шла о том, кого надлежит освободить от обязанностей мэра Москвы и на кого следует возложить таковые. Лужков был назначен не мэром, а главой городской администрации (с возложением на него обязанностей мэра). Вице-мэра у Лужкова не должно было быть, а нового премьера правительства Москвы Лужков предполагал назначить, посоветовавшись со своими министрами и экс-мэром.
Назначение Лужкова, оказавшегося для Моссовета еще менее приемлемой фигурой, чем его предшественник, депутаты сочли незаконным. 10 июня 1992 г. Моссовет предложил президенту России пересмотреть указ «О Ю. М. Лужкове», напомнив, что по закону кандидатура главы администрации должна быть согласована с представительной властью города.
Чтобы подвести черту под московско-ленинградскими экспериментами