Новгороде, а в Новгороде Великом, будучи дьяком, поддерживал близкие отношения с Василием Шуйским.
Когда родился Андрей Алябьев, точно неизвестно. Впервые упоминается он в документах в 1588 году, как «выборный дворянин Дорогобужа». В 1595 году Борис Годунов посылает его «в посольство к императору Священной Римской империи Рудольфу II» (ЦАНО). Миссия, надо сказать, была чисто разведывательная. До Годунова дошли слухи о том, что Рудольф — самый настоящий чернокнижник, что ему якобы удалось найти философский камень, который согласно легендам дарует власть, богатство и бессмертие. Годунов тогда еще не пользовался таким влиянием, как потом, и вёл борьбу за трон с другими боярами. Вот и хотел с помошью Алябьева узнать секреты чернокнижника.
То, что германский император действительно занимался оккультизмом, подтверждают документы того времени. В Прагу, где была его резиденция, он пригласил из Англии алхимиков и астрологов Джона Ди и Эдварда Келли, астронома Тихо Браге, но, судя по всему, тайну бессмертия разгадать ему не удалось, так как умер, не дожив до своего 60-летия.
Никаких тайн Алябьев не выведал, и Годунов был разочарован. Он назначает Андрея Семёновича дьяком в Галич, где Алябьев ведает финансами. На этой должности он оставался вплоть до 1604 года. Есть свидетельства, что воевода присутствовал вместе с Дмитрием Пожарским на свадьбе Лжедмитрия I c Мариной Мнишек.
В боях с Тушинским вором раскрылся полководческий талант Андрея Алябьева. Войско под его началом громило отряды самозванца у Ворсмы и Павлово, штурмом взяло Арзамас, а затем Муром и Касимов. Только за два первых месяца 1609 года царь Василий Шуйский прислал в Нижний Новгород семь грамот, в которых благодарил за храбрость и мужество и Алябьева, и Репнина.
После избрания царём Михаила Федоровича Романова окружение Василия Шуйского было переведено на менее престижные должности. В марте 1615 года Алябьев исполняет обязанности судьи в Московском судном приказе, а в 1619 году назначается воеводой в Вологду.
Умер Андрей Семёнович, вероятно, в 1620 году. В Писцовой книге по Нижнему Новгороду за 1622 год упоминаются сыновья Андрея Алябьева — Григорий и Фёдор, а также его вдова Мария. Григорий был воеводой в Болхове, Путивле, Вязьме и Пелыме, послом в Голландии. Женой его стала Василиса Доможирова из Нижегородского уезда, где брат Григория, Фёдор, имел большие наделы земли. В его вотчину входили деревни Чушкино, Малое и Большое Белозерово, Малое Внуково, Старая Грива и Семенцово.
Фёдор входил в свиту царя Михаила Фёдоровича, был стряпчим с платьем, присутствовал на его свадьбах с Марией Долгорукой, которая заболела и умерла через полгода, и с Евдокией Стрешневой. В 30-х годах XVII века Фёдор Алябьев был воеводой в Галиче, Уфе и Ельце, а затем заведовал приказом каменных дел. Искал золото на Урале, но не нашёл.
Казнь изменников
В начале декабря 1608 года неподалеку от Нижнего Новгорода объявилось мордовское войско под командованием Варгодина Качинкова.