Канцелярия Военно-учетного комитета вплоть до 1903 года являлась центральным органом российской военной разведки и контрразведки.
Создание военной контрразведки нового типа, быстро реагирующей на появление острых военно-политических конфликтов, было обусловлено начавшейся милитаризацией ведущих стран на Западе, в первую очередь Германии, а в восточном регионе – Японии, а именно: активизация их разведывательной деятельности с целью получения точной информации о состоянии вооруженных сил России на рубеже XIX–XX веков.
Формальным поводом, ускорившим процесс создания военной контрразведки, явилось разоблачение агента германской и австрийской разведок старшего адъютанта штаба Варшавского округа подполковника А. Н. Гримма, имевшего по долгу службы отношение к особо секретным документам. В процессе следствия выяснилось, что А. Н. Гримм из корыстных побуждений и весьма инициативно начал сотрудничать с разведками противника с 1895 года. По решению суда он был лишен дворянского звания, наград и был сослан на каторжные работы сроком на 12 лет.
А. Н. Куропаткин
По инициативе военного министра Алексея Николаевича Куропаткина специалисты Генерального штаба разработали идею создания в рамках своего ведомства военной контрразведки. А. Н. Куропаткин подал императору Николаю II докладную записку «О создании Разведочного отделения Главного штаба». Резолюция императора «согласен» была получена 20 января 1903 года. Этот день послужил началом создания особого подразделения в рамках военного ведомства, получившего название «Разведочное отделение».
Новая спецслужба расположилась в Санкт-Петербурге на улице Таврической, № 17. Начальником разведочного отделения был назначен бывший руководитель Тифлисского охранного отделения, ротмистр Отдельного корпуса жандармов Владимир Николаевич Лавров. Была определена главная задача: пресечение деятельности военных атташе стран главного противника, выявление их агентуры в штабах и подразделениях Главного штаба. За шесть месяцев работы В. Н. Лавров и его подчиненные установили 20 российских и иностранных подданных, в той или иной мере занимавшихся шпионажем. Отделение получило упреждающую информацию о начале военных действий Японии против России. Однако данная информация не получила должной оценки в Главном штабе. В итоге начавшаяся война на Дальнем Востоке для руководства страны была признана «внезапной» и «неожиданной».
Целенаправленная и профессиональная работа военных контрразведчиков была крайне результативной: так с 1900 по 1910 год в Варшавском округе охранное отделение, а с 1903 года военная контрразведка выявили 150 агентов германской и австрийской разведок, из 33 обвиняемых до суда доведено 17 дел. В 1904 году в составе Разведочного отделения числилось 22 сотрудника: начальник отделения, 6 наружных наблюдательных агентов, 2 сотрудника для справок и установок, агент-посыльный, 9 внутренних агентов, 2 «почтальона». Начальник отделения имел содержание начальника отделения Главного штаба: жалованье в 1500 рублей, столовых