К Патриарху переходило право сноситься с иными поместными Церквями (по частным вопросам – от себя, по общим – от имени Синода) и с государственными органами. Оговаривалось право Патриарха непосредственно ходатайствовать о церковных нуждах перед императором и давать ему ежегодный отчет о внутреннем состоянии Церкви, что ранее было прерогативой обер-прокурора. Именно Патриарх должен был следить за правильным замещением архиерейских кафедр, быть арбитром при решении епископских дел, созывать Соборы («с ведома Синода и с соизволения Государя императора»). Имея «преимущества чести», Патриарх в случае каких-либо правонарушений подлежал епископскому суду «по благоусмотрению Государя императора».
Впрочем, высшее церковное управление не принадлежало патриарху единолично: приоритет сохранялся за Поместным Собором. Собору должна была принадлежать вся полнота власти в Церкви – законодательной, руководительной, ревизионной и высшей судебной. При этом Соборы должны были созываться не реже одного раза в десять лет.
Члены Предсоборного Присутствия признали, что отношения Церкви к государству в России определяются принадлежностью императора к Православию. Некоторые исследователи называли положенный в основу церковно-государственных отношений принцип «историческим», а не «отвлеченным». Логика была проста: раз так было в Византии и в России, то менять ничего не следует. Но, стремясь сохранить существовавшую модель отношений, трудно было надеяться на ослабление государственного контроля в церковных делах.
Члены Присутствия, предлагая свои изменения, были убеждены, что император поддержит своей властью Православную Церковь, разделив светское и церковное начала. Однако то, что хорошо в теории, часто трудно осуществляется на практике…
Положение, выработанное на заседаниях общего собрания и принятое в качестве официального документа Предсоборного Присутствия, предусматривало для императора право «решающего голоса»: новые постановления Церковь могла, как и раньше, издавать только с его разрешения, только с его разрешения могли созываться Соборы и ему же принадлежало право одобрения избранного Собором патриарха. Однако проект лишал царя его главного инструмента влияния на Церковь – обер-прокуратуры.
Осенью 1906 г. стало ясно, что Предсоборное Присутствие вскоре должно завершить свою деятельность. Трудно понять, что заставило власти так спешить с окончанием работ и даже назначать конкретную дату (15 декабря) их завершения. Проще было бы потребовать скорейшего по возможности завершения работ, но не определять сроки. Можно предположить, что спешили представить императору материалы до Рождества, чтобы уже в новом 1907 г. получить указ о созыве Собора. Это тем более кажется вероятным, что с лета 1906 г. в обществе стало изменяться отношение к будущему Православной Церкви. Не случайно журнал столичной духовной академии, откликаясь на начало осенних заседаний Предсоборного Присутствия, указывал, что возобновление