В опалу попали и братья царицы, были удалены от дел и ее немногочисленные сторонники. Царица-вдова заняла во дворце второстепенное место и большую часть времени проводила в загородных царских резиденциях. Детство Петра проходило не в тесных кремлевских теремах, а в привольных Воробьеве, Коломенском, Преображенском.
Первым учителем царевича был назначен дьяк Н. Зотов, лично проэкзаменованный знаменитым Симеоном Полоцким, учителем царских детей от царицы Марии Милославской. Любимой ученицей белорусского просветителя стала царевна Софья – будущая соперница Петра. Н. Зотов начал обучение царевича с рассказов из российской истории.
27 апреля 1682 годы двадцатилетний Федор Алексеевич умер. В тот же день в Передней палате Кремлевского дворца члены Боярской думы и высшее духовенство во главе с патриархом выбирали нового царя. Здоровый Петр был «надеждой династии», в отличие от болезненных Милославских, и выбор пал на него. Руководившие государством Языковы, Лихачевы и Апраксины в тот же день на площади и дворцовом крыльце в Кремле собрали т. н. Земский собор, на котором присутствовали люди, оказавшиеся в то время в Кремле и те, кого успели собрать по Москве – бояре, думные чины, дьяки, дворяне, служилые люди, купцы Гостиной и Суконной сотен, старосты московского посада, высшее духовенство. Обычно делегатов на Земский собор собирали неделями и месяцами со всей территории государства – это условие не было соблюдено.
Патриарх Иоаким обратился к толпе с вопросом о новом царе. Громче кричали за Петра, чем за Ивана – так решили руководители Собора. Недееспособность царевича Ивана не была официально установлена специальной соборной комиссией. Это, а также сама нелегитимность однодневного Собора были практически сразу использованы Милославскими, которых при новой власти ждали только опалы и ссылки. Приближалась кровавая драма 1682 года, сыгравшая в судьбе десятилетнего Петра такую большую роль.
Петр был провозглашен царем и благословлен патриархом на царство. Правительницей государства до его совершеннолетия становилась его мать царица Наталья Кирилловна, окруженная, как обычно, родней. На следующий день после похорон Федора Алексеевича царица вызвала из ссылки опытнейшего боярина А. Матвеева и своих братьев. Бывший правитель государства должен был прибыть в Москву 12 мая. У Милославских было только две недели, и они ими воспользовались. Заговор или механизм «перехвата» власти, осуществленный двадцатилетней царевной Софьей Алексеевной и ее дядей И. Милославским, опытным интриганом, можно смело вносить в учебники истории – в качестве классического примера.
Необходимо было «подогреть» общественное мнение, и царевна Софья, нарушив вековой обычай, запрещавший царевнам открыто появляться на публике, пришла на похороны Фёдора Алексеевича. Неопытная Наталья Кирилловна, не дослушав до конца литургию и отпевание, увела маленького царя из Архангельского собора. Сразу же начались толки и пересуды, подогретые причитаниями царевны Софьи о том, что «враги брата Федора