А. Н. Щеглова, проект рескрипта был написан им, причем «сущность его состояла в том, что Начальник Морского Генерального Штаба имел непосредственный доклад у Государя, подобно начальнику Сухопутного Генерального Штаба. Бирилев, обладая природною сметкой и хитрым умом, отлично понял, что власть Министра тем сводилась на второстепенную роль … поэтому … [он] уговорил его (А.Ф. Гейдена. – К.Н.) изменить рескрипт и предоставить Начальнику Морского Генерального Штаба Всеподданнейший доклад в присутствии Морского Министра, чем Начальник Морского Генерального Штаба как бы подчинялся Министру»[144]. Если исходить из данных А.Н. Щеглова, то в его действиях была не ошибка, а сознательный шаг к разделению центрального аппарата морского ведомства на независимые части. С другой стороны, Александр Николаевич превратно толковал полномочия начальника Главного управления Генерального штаба (ГУГШ) сухопутной армии. Тот никогда не имел права всеподданнейшего доклада в полном объеме, как министр, а лишь получил после русско-японской войны право докладывать императору в присутствии военного министра. Это право вскоре было у начальника ГУГШ отнято, так как противоречило идее единства военного ведомства. Таким образом, в исправленном А. А. Бирилевым рескрипте права начальника МГШ в отношении всеподданнейших докладов точно соответствовали правам начальника ГУГШ.
Одновременно был утвержден царем и «Наказ Морскому Генеральному штабу», регламентировавший структуру и функции учреждения, права и обязанности его начальника[145]. На вновь созданный штаб возлагались следующие задачи: сбор и анализ состояния зарубежных флотов и отечественных морских сил, разработка судостроительных программ, распределение кораблей по соединениям, разработка планов войны на море и мобилизации, руководство деятельностью оперативных отделений главных портов, обобщение боевого опыта, совершенствование тактических приемов. Офицеры МГШ могли также заниматься преподавательской деятельностью и пропагандой «идеи флота» в общественных организациях. Начальник МГШ становился по должности членом Совета государственной обороны, образованного 8 июня 1905 г. В этот высший орган государственного управления входили кроме начальника МГШ министры военный и морской, начальники Главного управления Генерального штаба и Главного Морского штаба, генерал-инспекторы родов войск сухопутной армии. Кроме того, в Совет могли приглашаться царем и другие военачальники или высшие чиновники. Начальник МГШ получал право личного доклада царю, ежегодно он был обязан представлять ему же всеподданнейший отчет о деятельности штаба.
Деятельность МГШ началась 2 мая 1906 г. Естественно, что некоторое время заняло решение организационных вопросов – предстояло создать пять отделений: оперативное, русской и иностранной статистики, мобилизационное и архивно-историческое, но на первых порах сформировали лишь первые три.
2 октября 1906 г. начальник МГШ Л. А. Брусилов сформулировал недостатки существующей организации морского ведомства