В XVII–XVIII вв. казаки упорно отстаивали свою свободу и принимали активное участие в крестьянских войнах и восстаниях XVII–XVIII вв., выдвинув из своей среды таких руководителей, как С.Т. Разин, К.А. Булавин и Е.И. Пугачев. В начале XVIII в. казачьи общины были преобразованы в иррегулярные казачьи войска, а в 1723 г. ликвидирована выборность войсковых атаманов и старшин, которые теперь стали назначаться правительством. Во второй половине XVIII–XIX вв. был упразднен ряд казачьих войск и созданы новые – уже полностью подчиненные правительству (Оренбургское – в 1748 г., Астраханское – в 1750 г., Сибирское – в 1808 г., Кавказское линейное – в 1832 г. (разделено в 1860 г. вместе с Черноморским войском на Кубанское и Терское), Забайкальское – в 1851 г., Амурское – в 1858 г., Семиреченское – в 1867 г. и Уссурийское – в 1889 г.).
Положение казачества как замкнутого сословия было закреплено при Николае I. Казакам было запрещено вступать в браки с представителями неказачьего населения, воспрещен выход из войскового сословия. При этом казачество получило ряд привилегий: освобождение от подушной подати, рекрутской повинности, земского сбора, право беспошлинной торговли в пределах войсковой территории, особые права на пользование государственными землями и угодьями (ловлей рыбы, добычей соли и т. п.). Казачество участвовало во всех войнах, которые вела Россия в XVIII–XX вв. Особенно отличились казаки в Семилетней войне (1756–1763 гг.), Отечественной войне 1812 г., Кавказской (1817–1864 гг.), Крымской (1853–1856 гг.) и Русско-турецких войнах. В конце XIX – начале XX в. казаки также широко использовались властью для обеспечения государственной безопасности и правопорядка.
К началу XX в. в Российской империи существовало 11 казачьих войск (Донское, Кубанское, Терское, Астраханское, Уральское, Оренбургское, Семиреченское, Сибирское, Забайкальское, Амурское, Уссурийское), в 1917 г. из красноярских и иркутских казаков было образовано Енисейское казачье войско. Кроме того, в ведении Министерства внутренних дел находился Якутский казачий полк. К 1916 г. общая численность казачества превысила 4,4 миллиона человек, включая около 480 000 человек служилого состава. В конце XIX в. казаки составляли 2,3 % населения страны71. Все казачьи войска и области в военном и административном отношении с 1879 г. были подчинены Главному управлению казачьих войск, а с 1910 г. – Казачьему отделу Главного штаба. Атаманом всех казачьих войск с 1827 г. являлся наследник престола, во главе каждого войска стоял Наказный (назначенный) атаман. Если в Донском войске должность атамана была самостоятельной, то в других казачьих войсках Наказный атаман являлся одновременно Генерал-губернатором или Командующим войсками округа. При атамане существовал Войсковой штаб, управлявший делами войска через атаманов отделов или округов. Станичные и хуторские атаманы избирались на сходах.
В основе экономики казачества лежала сложившаяся еще в XIX в. система казачьего землевладения. К концу XIX в. общая площадь казачьих земель составляла не менее 81 миллиона десятин, или 4,05 % всех земель Российской