Владимирского окружного суда. В 1898–1898 гг. – товарищ прокурора того же суда. В 1900–1903 гг. – товарищ прокурора Московского окружного суда. В 1904 г. стал прокурором Тверского окружного суда, а осенью 1906 г. начинается новый этап деятельности Муратова. Указом императора Николая II от 2 сентября 1906 г. он назначается исправляющим должность тамбовского губернатора; согласно же указу от 22 января 1908 г. становится полноправным главой Тамбовской губернии. 1905–1906 гг. – период чрезвычайно сложный для Тамбовского края: непрекращающиеся крестьянские выступления, активная деятельность революционных партий, прежде всего эсеров, руками которых в декабре 1905 г. был убит тамбовский вице-губернатор Н.Е. Богданович, в январе 1906 г. – советник губернского правления Г.Н. Луженовский, а в декабре того же года – бывший глава губернии В.Ф. Фон-дер-Лауниц. Эти обстоятельства поставили перед Муратовым целый ряд серьезных проблем. Муратов считал своим гражданским и нравственным долгом решительное пресечение не только революционного, но и любого оппозиционного движения, в силу чего он в скором времени стал объектом резкой критики не только со стороны социал-демократов и эсеров, но и со стороны либералов. При этом он возглавил Тамбовское губернское попечительство детских приютов, принял на себя обязанности председателя губернского комитета по призрению детей, родители которых погибли в войне с Японией, оказывал активную поддержку комитету народной трезвости. При нем с 1908 г. стало осуществляться празднование дня Георгиевских кавалеров (26 ноября). Вообще военно-исторической тематике Николай Павлович уделял самое пристальное внимание. Так, им была составлена и в марте 1912 г. произнесена речь об Отечественной войне 1812 г., в которой он попытался поведать не столько о событиях столетней давности, сколько рассказать «про людей, лучшее имя для которых – легенда». Интересно, что к моменту произнесения речи Н.П. Муратов уже состоял почетным членом Тамбовской учетной архивной комиссии. Тогда же, в 1912 г., по ходатайству Городской думы Муратову было присвоено звание Почетного гражданина города Тамбова «за плодотворную деятельность на пользу названного города» и «сердечное отношение к нуждам городского населения».
7 мая 1912 г. Н.П. Муратов императорским указом был перемещен на губернаторскую должность в Курск, где служил, однако, недолго. Действительный статский советник Н.П. Муратов 15 января 1915 г. был назначен членом Совета министров, товарищем министра внутренних дел, активно занимался вопросами организации снабжения действующей армии. 1917 г. резко оборвал политическую карьеру Муратова. Сведений о его жизни в послереволюционный период практически не сохранилось. Известно только, что он подвергался репрессиям со стороны новых властей, сидел в тюрьме. В начале 1920-х гг. им были написаны «Воспоминания», бóльшую часть которых он посвятил описанию своей деятельности на посту Тамбовского губернатора (деятельности, оцененной им самим весьма критически). «Воспоминания» эти являются очень ценным