Ахтырская церковь на больничном хуторе и Спасов скит на месте крушения царского поезда в 1888 году возле станции Борки. В 1861 году, после смерти архимандрита Арсения, братией был ископан новый пещерный храм в честь преподобного Алексия, человека Божия – покровителя почившего настоятеля (имя Алексий он носил до пострижения в монашество).
В XIX в. Святые Горы стали центром богомолья не только для юга России, Дона и Кавказа, но и для севера, откуда также приходило множество паломников и богомольцев, которые заходили в обитель по пути из Воронежа в Киев. Некогда запустевшая Святогорская обитель за короткий период была украшена многими царскими дарами, обогащена вкладами различных жертвователей и благотворителей и сделалась известною и славною по всей России.
В годы первой мировой войны, будучи одним из крупнейших и обеспеченных монастырей Харьковской епархии, Святогорский монастырь оказывал помощь раненым воинам и беженцам. В 1915 году на средства обители был построен лазарет для раненых на 60 человек, а также принято на постой около 700 человек беженцев.
В это время некоторые иеромонахи Святогорской обители несли службу полковыми священниками в действующей армии и на флоте. Впоследствии многие из них были награждены за заслуги во время военных действий наперсными крестами и орденами.
События 1917 года и приход новой, Советской, власти трагично отозвались на дальнейшей судьбе Святогорского монастыря.
После насильственного изгнания из обители, сопровождавшегося побоями и убийствами, оставшиеся в живых братия поселились в близлежащих селах, а небольшая часть перешла жить ко Всехсвятской кладбищенской церкви.
С образованием в 1922 году на территории Святогорской обители дома отдыха и санатория пещеры и пещерные храмы также испытали на себе разорительную руку новой власти. В подземной церкви преподобных Антония и Феодосия Печерских было устроено овощехранилище, просуществовавшее до 1986 года, а в храме преподобного Алексия, человека Божия, в 30-х годах власти открыли музей антирелигиозной пропаганды.
В 1992 году была вновь открыта Святогорская обитель. Первым монастырю был передан его соборный храм Успения Божией Матери.
Возродилось богослужение и монашеское пение, реставрируются храмы и корпуса, открыт после 70-летнего запустения Свято-Успенский собор – украшение обители. В 1992 году, 4 октября, крестным ходом была возвращена в обитель величайшая святыня – Святогорская икона Божией Матери.
Братия обители, которых уже около 120 человек, неленостно исполняют самые различные послушания. Они трудятся в столярной, пошивочной мастерских, кузне, пекарне, пасеке, огородах, в саду, на просфорне, братской и паломнической трапезах, в гаражах, экскурсоводами и на других послушаниях.
Благодаря помощи благотворителей в 1997 году в обители вновь зазвонили колокола, которых сейчас 17 на большой колокольне. Самый массивный, названный Игуменским, весит более 6 тонн, другие поменьше: 4 тонны,