К сожалению, он не застал Баруха Спинозу, умершего несколько лет тому назад, но с учениками этого философа много общался и в целом одобрял его стремление анализировать суждения разума и строить этику и политику на новых разумных основаниях. Правда, Спиноза казался ему слишком отвлеченным, слишком одухотворяющим наши чувства, Локк требовал большего самоотчета. Тем временем в Нидерландах Вильгельм Оранский собирал войско, чтобы свергнуть Якова II Стюарта, так что новый двор формировался на глазах Локка и с его участием.
На волне Славной революции, в свите новой королевы Марии II, Локк вернулся в Англию. После возвращения в уже свободной стране он смог напечатать свои главные труды: «Опыт о человеческом разумении», «Два трактата о гражданском правлении» и «Письмо о веротерпимости». Астма заставила его переехать из города в Эссекс, в дом леди Машем, очень его почитавшей. При этом Локк продолжал писать письма, ездить в Лондон и другие города, вести дискуссии с Исааком Ньютоном, а также с Джоном Драйденом, очень талантливым, но довольно беспринципным в политике поэтом, создавшим английскую оперу и вообще английский литературный классицизм. Тем временем партия вигов пополнялась новыми членами, и все они считали Локка своим главным героем: без его прямого участия не были бы приняты законы, действующие и в современной Великобритании.
В «Двух трактатах о гражданском правлении» Локк утверждает, что коль скоро все люди являются потомками Адама, то все они юридически имеют равные права и на власть, и на собственность. Неравенство, власть монарха возникли лишь потому, что люди не смогли найти гражданского согласия и начали войны. В отличие от Томаса Гоббса, полагавшего, что монархия необходима, потому что только абсолютная власть остановит войны, Локк считал войны эпизодом более общего гражданского несогласия, и, по его мнению, монархия, поощряя неравенство, углубляет это несогласие, а значит, провоцирует новые войны. Поэтому необходим «гражданский договор», согласие людей, основанное на здравом смысле: люди рано или поздно понимают, что, договорившись уважать друг друга, они будут терпеть меньше ущерба в своих делах. Если кто-то начинает притеснять их, следует резко расширить права, например, в ответ на увеличение налогов потребовать политического представительства. И так следует действовать не ради частной выгоды, но ради общего интереса, состоящего в том, чтобы люди перестали чинить обиды друг другу и действовать через насилие.
Умер Локк 28 октября 1704 года. Он был похоронен на сельском кладбище, недалеко от дома Машемов, в котором провел тяжелые, но вместе с тем счастливые последние годы жизни. Незадолго до смерти он лишился слуха, о чем очень сожалел.
Локк никогда не был женат, не имел детей, равно как и не купил себе за всю жизнь дома, будучи везде гостем. В этом проявилось его строгое пуританское воспитание: он смотрел только в книги, следил за новостями и даже лечил лишь тех, кто его об этом просил, опасаясь, что