Нормами таможенного законодательства определены их полномочия и компетенция.
Под полномочиями таможенных органов имеется в виду совокупность установленных Таможенным кодексом РФ и другими нормативными правовыми актами прав и обязанностей таможенных органов и их должностных лиц. Глава 39 ТК РФ наделяет таможенные органы полномочиями в объеме, необходимом для выполнения возложенных на них функций и решения поставленных перед ними задач. Полномочия таможенных органов складываются из совокупности правомочий (обязанностей) перед государством и лицами – участниками таможенных правоотношений.
Согласно ст. 401 ТК РФ никакие органы государственной власти субъектов Российской Федерации, органы местного самоуправления, общественные объединения не могут вмешиваться в деятельность таможенных органов при осуществлении ими своих функций. Никакие иные государственные органы, кроме уполномоченных, не вправе принимать решения по вопросам, отнесенным к полномочиям и сфере ответственности таможенных органов.
Таможенный кодекс Российской Федерации кардинально изменил прежнюю традицию и возлагает на таможенные органы одну главную обязанность: они должны заниматься преимущественно реализацией предписаний Кодекса и других актов таможенного законодательства. Согласно ст. 408 ТК РФ в этом заключается главный смысл деятельности таможенных органов, выраженный в их наименовании и предназначении.
Таможенные органы согласно ст. 408 ТК РФ для выполнения возложенных на них функций обладают правомочиями:
1) принимать меры, предусмотренные настоящим Кодексом, в целях обеспечения соблюдения таможенного законодательства Российской Федерации;
2) требовать документы, сведения, представление которых предусмотрено в соответствии с настоящим Кодексом;
3) проверять у граждан и должностных лиц, участвующих в таможенных операциях, документы, удостоверяющие их личность;
4) требовать от физических и юридических лиц подтверждения полномочий на совершение определенных действий или осуществление определенной деятельности в области таможенного дела;
5) осуществлять в соответствии с законодательством Российской Федерации оперативно-розыскную деятельность в целях выявления, предупреждения, пресечения и раскрытия преступлений, производство неотложных следственных действий и дознания по которым отнесено уголовно-процессуальным законодательством Российской Федерации к ведению таможенных органов, выявления и установления лиц, их подготавливающих, совершающих или совершивших, а также обеспечения собственной безопасности;
6) осуществлять неотложные следственные действия и дознание в пределах своей компетенции и в порядке, которые определены уголовно-процессуальным законодательством Российской Федерации;
7) осуществлять производство по делам об административных правонарушениях и привлекать лиц к ответственности за совершение административных