Москве масонских лож существовало более сорока. Первая из масонских лож «Клио» – была основана в 1763 году, есть известие, что императрица Екатерина II была попечительницей (tutrice) ложи Клио20. Десять лет спустя в Москве была основана вторая ложа – «Трех мечей»; в этой ложе был мастером известный друг Новикова – Шварц. Ложа располагала большими денежными средствами, которые получила от графини Чернышевой. В 1774 году была основана третья ложа в Москве приезжими купцами-иностранцами и носила она название «Иностранное собрание». В 1775 году из Петербурга перенесены ложи «Латоны» и «Горуса», и в этот же год под управлением Новикова открыты четыре еще младшие ложи, где мастерами были Лопухин, Гамалея, Кутузов и Ключарев, и в этот же год была перенесена из Петербурга в Москву «Ложа Озириса», и также основан в Москве орден «Тамплиерства» бароном Бенингсоном Ешевский говорит21, что братья-масоны усомнились в законности Бенингсова основания и обращались через посредство ложи «Трех глобусов» к герцогу Брауншвейгскому. В 1779 году основаны ложи «Аписа», «Трех христианских добродетелей», «Трех Знамен», или «Матерь-ложа» (мастером здесь был П. А. Татищев); под начальством Татищева в Москве работали еще три других масонских ложи: в одной из них мастером стула был сын Татищева, в другой – купец Таусен.
Около этого же времени в Москве, по показанию Новикова, были еще две ложи «настоящих французских»; в одной из этих лож главным двигателем был приезжавший в то время в Москву известный граф Калиостро.
В 1786 году была в Москве еще эклектическая ложа «Гармония», где соединялись «братья» разных лож для лучшего устройства русского масонства. Мастером был в ней известный Шварц. В 1782 году 21 октября была основана ложа «Девкалиона»; мастером стула здесь был известный Гамалея.
В 1783 году открывается в Москве ложа «Сфинкса»; под начальством князя Гагарина эта ложа была признана четвертой ложей-матерью. В 1784 году в Москве возникает ложа «Блистающей звезды», под руководством мастера стула И. В. Лопухина; затем ложа «св. Моисея», где мастером был Ф. П. Ключарев, и ложа «Светоносного треугольника», здесь мастером стула был А. М. Кутузов, и в этом же году 1 сентября московские розенкрейцеры учреждают «Типографскую компанию».
1785 и 1786 годы для московских масонов полны разных тревог; в эти годы масонство со стороны правительства подпадает под строгий присмотр. 23 декабря выходит указ Екатерины II к митрополиту Платону и графу Брюсу об испытании Новикова в законе Божием и рассмотрении изданных им книг; через месяц следует другой указ – московскому губернатору П. В. Лопухину об осмотре масонских больниц и школ.
В этом году ходят в московском обществе упорные слухи, что некоторые масонские собрания стали превращаться в политические клубы; молва обвиняет в якобинстве гр. Строганова, Репнина, Шувалова и еще некоторых других вельмож. В 1786–87 годах московские розенкрейцеры просят покровительства у великого князя Павла Петровича. В 1788 году основывается в Москве ложа «Пламенеющей звезды».