Военно-судебного устава и учреждение военно-окружных и полковых судов начались с Петербургского и Московского военных округов, где эти суды стали действовать с 1 сентября 1867 г. Одновременно приступил к работе Главный военный суд. К 1871 г. военно-окружные и полковые суды действовали также в Одесском и Харьковском (с 1 декабря 1868 г.), Киевском и Виленском (с 15 октября 1869 г.) и Кавказском (с 8 ноября 1870 г.) военных округах, впоследствии они постепенно вводились и во всех остальных округах.
С военно-судебной реформой связано также упразднение в округах военно-арестантских рот инженерного ведомства, признанных «школою разврата»[170]; в 1867 г. они были преобразованы в военно-исправительные роты и переданы в ведение губернских воинских начальников или крепостных комендантов. В военно-исправительных ротах, кроме труда (от 8 до 10 часов в сутки) и строевых занятий, вводилось обучение грамоте; 10 % от прибыли за продажу изготовленных арестантами изделий передавалось в их пользу.
Важным и целесообразным с точки зрения эффективности военного управления было то, что устройство местных военно-окружных управлений и обновление структуры Военного министерства шли во многом по «параллельной схеме». Не отвлекаясь на освещение хода реформирования центрального военного органа, достаточно будет привести конечный результат – структуру Военного министерства, закрепленную принятым 1 января 1869 г. Положением о Военном министерстве. Составными частями министерства стали[171]: Императорская главная квартира и военно-походная е. и. в. канцелярия, Военный совет, Главный военный суд, канцелярия Военного министерства, Главный штаб, Главное интендантское управление, Главное артиллерийское управление, Главное инженерное управление, Главное военно-медицинское управление, Главное управление военно-учебных заведений, Главное управление иррегулярных войск, Главное военно-судное управление, управление генерал-инспектора кавалерии, управление инспектора стрелковых батальонов, Комитет о раненых. Структурное сходство многих органов Военного министерства и военно-окружных управлений способствовало упорядочению их связей и отношений, введению единой системы организации работы.
Наряду с военно-окружными управлениями совершенствовались и подчиненные им органы управления местными войсками. В 1866 г. в семи губерниях звание губернского воинского начальника было соединено с должностью командира губернского батальона. В 1867 г. в Кубанской области Кавказского военного округа и в двух областях Туркестанского также учреждены должности губернских воинских начальников; на них же возложены и обязанности командиров губернских батальонов. В том же году при управлениях губернских воинских начальников в большинстве округов (за исключением Финляндского и Кавказского), а также при управлении варшавского губернского воинского начальника созданы хозяйственные комитеты, помогавшие решать вопросы обустройства губернских батальонов