Правительства Российской Федерации, обеспечивающие недискриминационный доступ к инфраструктуре железнодорожного транспорта и введенный в действие универсальный Прейскурант 10–01 способствовали развитию конкуренции на рынке грузовых перевозок. Наиболее привлекательные с точки зрения тарифов грузы переходят в конкурентный сектор, и их доставка осуществляется независимыми от ОАО «РЖД» компаниями-операторами подвижного состава. Из года в год число таких компаний, равно как и количество вагонов и локомотивов, которые находятся в собственности операторов-частников, увеличивается. К концу второго этапа эти компании уже владели примерно 1/3 всего вагонного парка страны, ими уже перевозится порядка 1/4 всех грузов.
В целях обсуждения вопросов реформирования железнодорожного транспорта и принятия согласованных решений по реализации мероприятий структурной реформы решением Правительства Российской Федерации создана Межведомственная комиссия по вопросам структурной реформы.
Итоги второго этапа структурной реформы железнодорожного транспорта одобрены на заседании Правительства Российской Федерации 10 ноября 2005 года по вопросу «О ходе реализации структурной реформы на железнодорожном транспорте».
Цель третьего этапа реформы (2006–2010 гг.) – создание развитого конкурентного рынка железнодорожных перевозок. Будет продолжено привлечение инвестиций для развития железнодорожного транспорта путем продажи пакетов акций дочерних обществ ОАО РЖД и других акционерных обществ, созданных на железнодорожном транспорте с участием государственного капитала.
К основным задачам этого этапа было отнесено: проведение оценки целесообразности полного организационного отделения инфраструктуры от перевозочной деятельности (если условия, при которых возможно такое отделение, достигнуты на этом этапе); переход большей части (60 процентов и более) парка грузовых вагонов в частную собственность (предполагается, что на данном этапе реформирования большая часть вагонного парка будет находиться в частной собственности); развитие частной собственности на магистральные локомотивы (предполагается, что на данном этапе реформирования часть локомотивного парка будет находиться в частной собственности); развитие конкуренции в сфере грузовых перевозок; продажа акций акционерных обществ, осуществляющих ремонт и техническое обслуживание в сфере железнодорожного транспорта, частным собственникам; развитие конкуренции в неосновных видах деятельности, не связанных с перевозками, направленное на повышение эффективности деятельности и качества услуг, и полное их открытие для доступа частного капитала.
В связи с переходом к инвестиционной фазе развития в железнодорожной отрасли были сформулированы дополнительные задачи для ОАО «РЖД» на 2006–2010 годы: привлечение инвестиций, повышение капитализации холдинга, в том числе за счет эффективного вывода акций дочерних компаний на