Следователь был хорошо осведомлен о лицах, посещавших владыку Феодора в Даниловом монастыре, и поэтому владыке приходилось объяснять причины их посещений: обер-прокурор Синода Самарин А.Д. и сын военного министра Шуваев хотели подготовиться к монашеству, а с еп. Серафимом (Чичаговым), с которым они познакомились в тюрьме, беседовали по церковным вопросам.
Давал также владыка Феодор объяснения по поводу составленного им вместе с еп. Германом (Ряшенцевым) акафиста преп. князю Даниилу – что он не вставлял в тропарь преп. кн. Даниилу «монархических формулировок поминовения».
В деле есть несколько заявлений сестры владыки Феодора Цвейтовой П.В. с просьбой отпустить ее брата «на поруки из-за слабого здоровья», поскольку он страдает болезнью почек. Владыку на какое-то время переводят для лечения в тюремную больницу, но срок содержания под стражей всё продлевают и продлевают.
Наконец, 17 октября 1924 г. постановили: Поздеевского освободить из-под стражи под подписку о невыезде, но дело продолжить. А уже то ли 9-го, то ли 17 декабря (в деле разные данные) 1924 г. владыку снова арестовывают в Даниловском монастыре.
Теперь следователя уже интересуют встречи владыки Феодора с профессором Поповым. Владыка отвечает, что Попов, которого он знает по совместной работе в Московской Духовной Академии с 1909 г., к нему заходил, и они беседовали за чаем о тюрьме и о здоровье Патриарха, что о Соборе 1923 г. они не говорили, так как Поздеевский о нем смутно знает, что Попов спрашивал фамилии арестованных епископов и владыка назвал, кого знал, и тот внес их в свой список, и также сведения о времени, проведенном им самим в тюрьме.
19 июня 1925 г. архиепископ Феодор был осужден по ст. 59 и ст. 73 (измышления и распространение в контрреволюционных целях ложных слухов или непроверенных сведений) за то, что «входил в сношения с иностранцами, передавал сведения о репрессиях и гонениях на церковь за границу» (причем, в конце одного из постановлений с этим обвинением стоит пометка владыки: «Не согласен, не имел сношений») и приговорен к высылке в Киркрай (ныне Казахстан) на 3 года. Отбывал владыка, по некоторым сведениям, в г. Тургае (в делах подтверждения этому нет), затем, с ноября 1927 г., жил в ссылке в г. Орске.
Декларацию 1927 г. владыка Феодор воспринял отрицательно, видя в ней полное подчинение Церкви произволу богоборческого государства. «Даниловцы» не исполняли указ Синода о поминовении на богослужении советской власти. В материалах дела № 7014-П, в показаниях архимандрита Поликарпа (Соловьева), одного из ближайших учеников владыки Феодора, о причинах этого сказано так: «Это поминовение мы признавали неправильным, поскольку советская власть есть атеистическая и церковь отделена от государства. Декларации митр. Сергия мы не сочувствовали, так как советская власть придерживается идеологии материалистической, атеистической, значит антицерковной». Архиепископ Феодор считал, что Церковь должна жить своей жизнью, строго по церковным канонам, а с государством не вести какой-то особой политики, не стараться с ним как-то договариваться и не пытаться