Його діяльність стурбувала польських шляхтичів, які зрозуміли небезпеку такого острова добробуту. До канцелярії польського короля полетіли скарги та обмови, в яких говорилося, що Палій має на меті забрати під свою владу усе Правобережжя, а потім й інші землі на півночі. Декілька спроб польської шляхти вдертися на землі, підконтрольні Палієві, зазнали невдачі. Військова сила Палія дозволила йому ігнорувати призначеного поляками гетьмана Могилу і його спадкоємця гетьмана Гришка. З наступним гетьманом – Самусем – Палій вступив у союз та дозволив здійснювати формальний контроль у своїх землях.
Закріпившись, Палій почав просуватися на захід, приєднуючи нові села. Йому не дуже часто приходилось виймати шаблю, бо його слава йшла поперед нього та змушувала поляків кидати свої маєтки. Селяни ж радо зустрічали Палія, бо розголос про його козацьку державу «без ляхів, без холопа і без пана» здобув йому пошану усього українського населення.
Палій справді відродив запорозькі порядки, вважаючи кожного селянина осілим козаком. Призначені старшинам та церквам маєтки мали оброблятися найманими працівниками, бо нічого на кшталт панщини не мало бути. Маючи амбіційне бажання звільнити українські землі та об'єднати знов усю Україну, Палій у 1688 році запропонував союз гетьманові Лівобережної України Мазепі на умовах, що той стане гетьманом об'єднаної України. Та він не врахував того, що Мазепа не був самостійною фігурою, і якщо сам Палій лише формально підпорядковувався польському королеві, то Мазепа був під постійним жорстким контролем московської влади. Тому він лише узявся передати російському цареві пропозиції Палія. Та цар Петро добре розумів, що поєднання Лівобережних земель з козацькою республікою Палія приведе до втрати контролю над усіма українськими землями. Але, бажаючи приручити Палія, російській цар зробив йому «звабливу» пропозицію – Палій зі своїм полком залишає Правобережжя та переходить на лівий берег, в Гетьманщину, і стає довічним полковником. Таку пропозицію Палій відкинув, але зберіг дружні стосунки з Мазепою та декілька разів пропонував йому об'єднатися без благословення Москви. Палію не пощастило знайти в Мазепі союзника, тому він своїми силами розбудовував свою державу, безупинно воюючи з татарами та шляхетськими загонами. Наприкінці віку над головою Палія зібралися хмари – в нього було дуже багато ворогів, він був небезпечний як для поляків, так і для Москви.
У 1699 році польський сейм ухвалив рішення відібрати у Палія землі на Правобережжі та ліквідувати козацтво зовсім, усі протести з цього приводу були проігноровані. Новий польський король Август II деякий час вагався, не бажаючи збройного конфлікту з таким славетним воїном, але кінець кінцем направив Палієві письмову вимогу, щоб той розпустив козацьке військо, передав землі наміснику корони і покинув Правобережжя. Та, знаючи репутацію Палія, Август почав збирати війська, не чекаючи відповіді. Влітку 1702 року Семен Палій і Самусь видали