Джефферсон отбыл к берегам французского королевства. 30 августа в селении Пасси он встретился с Франклином и прибывшим из Гааги Адамсом. Им надлежало выработать дипломатические основы сотрудничества с европейскими странами, условия заключения договоров с Англией, Гамбургом, Саксонией, Пруссией, Данией, Россией, Австрией, Венецией, Римом, Неаполем, Тосканой, Сардинией, Генуей, Испанией, Португалией, Оттоманской империей, Алжиром, Тунисом и Марокко. Кроме того, предстояло обновить договоры с Францией, Голландией и Швецией. Главной задачей стало налаживание торгового сотрудничества.
Закончив эту важную и сложную работу, Франклин наконец-то мог подать в отставку. 10 марта 1785 г. Джефферсон вместо него был назначен послом и занимал этот пост до 1789 г.
Дела у преемника пошли довольно вяло. Впрочем, в том не его вина. В задачи Франклина входило сохранить союз с Францией в противовес Англии и способствовать развитию американской торговли с ведущими европейскими странами. Европейские государства, занятые своими проблемами, мало интересовались новым торговым партнером. На первых порах договор удалось подписать только со слабенькой Пруссией. Джефферсон утешал себя тем, что в случае войны американский флот сможет найти приют в прусских гаванях. Но вскоре эта страна отвергла договор. Было отчего прийти в уныние. Однако в 1789 г. американский конгресс одобрил посольскую деятельность Джефферсона и продлил его полномочия еще на три года. Но срок этот отбыть ему не довелось. Президент Вашингтон решил назначить его государственным секретарем.
В обязанности Джефферсона входило руководство внешнеполитической службой, проведение цензов, гарантирование патентов, наблюдение за работой федеральных служб, контроль над употреблением государственной печати, публикация законов, рассмотрение трений между штатами, определение границ между штатами и другое.
С первых же дней у Джефферсона стали складываться непростые отношения с главой департамента финансов и лидером федералистов А. Гамильтоном. Тот стремился превратить США в строго централизованную индустриальную державу. Сторонника «фермерской республики» и демократа Джефферсона это не устраивало.
Госсекретарь видел опасность как в крайней централизации, грозящей республике монархической формой правления, так и в чрезмерной самостоятельности отдельных штатов.
Главный конфликт между ними разразился по поводу создания национального банка. В конце концов Гамильтон победил. Конгресс утвердил представленный им законопроект, а Вашингтон подписал Закон об установлении Банка Соединенных Штатов. В июле 1793 г. Джефферсон подал в отставку. Он понимал, что этот факт означает негативное отношение большинства в правительстве к его курсу. Вашингтон просил его задержаться, поэтому только в январе следующего года госсекретарь оставил свой пост и покинул Филадельфию.
Томас направился в Монтиселло, где ждала его красавица дочь Мэри. Марта уже успела выйти