Другой находкой стали элементы украшений богини Коатлтикуэ в виде голых черепов, остатки подношений в ритуальных кадилах и фигуры различного типа и размера. Это указывает на то, что у древних мексиканцев, равно как и у преданных божествам смерти майя, тарасков и тотонаков, существовал мощный религиозный культ.
С приходом испанцев, предполагалось, что культ будет всецело предан забвению, однако этого не произошло. Поклонники богов Миктлантекутли и Миктекасиуатл (последней в особенности) продолжили служить им тайно.
Археолог Карлос Наваррете в своем труде, посвященном Санта Муэрте, предполагает, что данный культ мог возникнуть как продукт синкретизма веры в некое божество смерти, учения католического святого Паскуаля Байлона и представления о неприкаянных страдающих душах «анимас солас».
Испанское завоевание в мексиканских селениях осуществлялось огнем и кровью, однако помимо него происходило духовное порабощение, состоявшее в полном уничтожении божеств, представляющих собой основу индейской культуры. Однако, несмотря на все усилия, в католицизме до сих пор сохранились следы древней религии, в связи с чем культ Санта Муэрте является своеобразным отголоском этого прошлого.
Обращение индейских народов в католическую веру являлось первостепенной задачей францисканских миссионеров. Сопротивление индейцев новым религиозным доктринам наказывалось проповедниками Евангелия пожизненным заключением в тюрьму. Например, в документе, датируемом примерно 1600 годом, и описывающем случаи идолопоклонства в маленькой деревушке Тукстла, сообщается о запрещенных обрядах, которые втайне совершались некоторыми местными жителями.
Для католиков единственным и истинным Богом был тот, о котором говорит Библия, в связи с чем любое отклонение в религиозном мировоззрении преследовалось как проявление сатанизма несмотря на то, что в Древней Мексике не существовало понятия ада. Индейским богам поклонялись в пирамидах, на холмах и в пещерах, и поначалу миссионеры не могли понять смысла их танцев вокруг костей (зачастую принадлежавших священнослужителям и местным правителям, которым поклонялись индейцы), которые казались им такими странными.
Наиболее вероятным считается предположение, что для того, чтобы сохранить свои древние практики и избежать наказания, приверженцы культа Миктлансиуатль, скрыли его под покровом элементов католицизма. Эта смесь индейских и европейских верований, включающая в себя элементы креольской культуры, положила начало зарождению культа Санта Муэрте в том виде, в котором он существует и по сей день.
Современная форма культа Санта Муэрте возникла в Идальго в 1965 году и прочно обосновалась в различных штатах Мексики, таких как Герреро, Веракрус, Тамаулипас, Кампече, Морелос и Федеральный округ (в районе Тепито культ пользуется особой популярностью среди лиц, имеющих проблемы с законом и торговцев), Нуэво-Леон,