В марте 1946-го он впервые становится членом Политбюро ВКП(б). На короткое время он вошел в сталинскую «семерку» – неформальный круг руководства страны, по нескольку раз в неделю собиравшийся вечерами на «ближней даче» вождя.
В августе 1947 года Косыгина, отдыхавшего с семьей в Мухалатке, неожиданно пригласили с супругой на крымскую дачу Сталина. После затянувшегося до утра дружеского ужина Сталин предложил отправиться вместе с ним на Кавказ на флагмане Черноморского флота крейсере «Молотов». После этого путешествия, продолжавшегося несколько дней, о 43-летнем Косыгине начали говорить как о возможном преемнике Сталина.
Правда, после «ленинградского дела» позиции Косыгина ослабли, из членов Президиума ЦК его перевели в кандидаты, – и только в начале 1953 года на одном из совещаний к Косыгину подошел Сталин, похлопал по плечу и спросил: «Ну как ты, Косыга? Ничего, еще поработаешь…»
Однако вскоре Сталин умер, и Косыгин продолжал работать на второстепенных должностях – министр промышленности товаров народного потребления, первый зам председателя Госплана СССР, зам председателя Госэкономсовета Совета министров и т. п. Ни на одной из них Косыгин не имел права на принципиальные экономические решения. И только в 1960 году Косыгин вновь стал первым замом премьера. Фактически Косыгин возглавил правительство – председатель Совета министров Хрущев был еще и Первым секретарем ЦК КПСС, на заседания правительства являлся лишь изредка, так что вел их, как правило, Косыгин. Хрущев занимался преимущественно вопросами сельского хозяйства и внешней политики, отдав Алексею Николаевичу руководство промышленностью, финансами, внешней торговлей.
Между Хрущевым и Косыгиным постепенно назревал конфликт, вызванный принципиально различными подходами двух деятелей к руководству государством, в частности экономикой. Косыгину не нравилось, что Хрущев часто принимал решения без надлежащего обоснования. Лишь один пример: однажды, пролетая над дельтой Волги, Хрущев увидел огромные заросли тростника. Кто-то из сопровождения высказал идею, что это практически неисчерпаемый источник сырья для производства целлюлозы. И Никита Сергеевич загорелся – немедленно построить под Астраханью крупный целлюлозно-бумажный комбинат. Несмотря на сопротивление Косыгина, он все-таки заставил внести коррективы в уже утвержденный народнохозяйственный план на следующий год, выделить немалые средства. В результате пришлось урезать другие статьи затрат, вполне обоснованных. Когда комбинат был построен, выяснилось, что скошенный на больших участках тростник естественным путем не восстанавливается, экологии был причинен огромный ущерб. Кроме того, оборудование, рассчитанное на древесину, на другом сырье – тростнике – просто не могло качественно работать. Поэтому лес для Астраханского комбината пришлось возить из Сибири и Архангельской области…
Когда в августе 1964 года Леонид Брежнев предложил Косыгину принять участие в заговоре против Хрущева, тот согласился. А на заседании