улюбленого сина Тимоша тяжко позначилася на здоров'ї гетьмана Богдана і викликала тривалу депресію.
Трагічною виявилась і доля молодшого сина гетьмана Богдана Юрія. Саме його Богдан незадовго до своєї смерті визнав за свого наступника на гетьманство.
У народній легенді середини XIX ст., яку записав П. Куліш, переповідалось, що «Хмельничанко, обусурманившись, збив пушкою з гори верх батьківської церкви, бажаючи дістатись батьківських грошей, які, кажуть, були замуровані на горищі церкви. Він прийшов за ними до Суботова, та боявся, бо тут стояло військо, то вже зі злості хотів розбити церкву… Хмельничанко живе й досі. Наші старі чумаки розказували, що бачили його в горах на свої очі. І при зустрічі він і сам казав, що «я син Хмельницького». Його ссе гадина, і він буде мучитись та блукати поміж горами аж до Страшного суду; а тоді вже Господь його простить, що обусурманившись хотів розбити батьківську церкву».
Старий Хміль нічого не шкодував, аби виховати Юрія справжнім козаком. Молодий гетьманич дістав непогану домашню освіту, був добре обізнаний із Святим Письмом, міг читати й писати не лише українською, але й церковнослов'янською, польською, грецькою та латинською мовами, хоч і поступався в цьому своєму батькові. Вчився Юрій Хмельницький і в Києво-Могилянському колегіумі, але недовго, бо через погіршення здоров'я Богдан повернув сина до Чигирина. Пізніше, вже як гетьман, Юрій Хмельницький ствердив батьківський привілей колегіуму, зазначивши, що він сам був колись його учнем. Відомо також, що одним із вчителів гетьманича в колегіумі був видатний український письменник, філософ і теолог Іоаннікій Галятовський. Повернувшись додому, Юрій Хмельницький продовжив науку. В одному з документів 1656 р. називається ім'я домашнього вчителя гетьманича – ченця Києво-Печерської лаври Іларіона Добродіяшка.
Незадовго до своєї смерті, у квітні 1657 p., гетьман Богдан домігся, щоб козацька рада проголосила Юрія гетьманом України. Шістнадцятилітнього гетьманича було обрано на батьківське місце одноголосно, і старий гетьман іще за свого життя подбав про визнання цього державно-династичного акту з боку сусідніх держав. Юрія визнали законним наступником свого батька Москва, Швеція, Польща, Семигород, Волощина, Молдавія, Крим і Туреччина.
Юрію Хмельницькому, з волі Москви, потім Варшави і, нарешті, Стамбула, випало тричі тримати гетьманську булаву (1659—1662,1677—1681,1685), але без особливого успіху. За своє коротке життя Юрієві довелося бути і промосковським в'язнем-ченцем, і в'язнем польської тюрми, і в'язнем турецьких казематів, За поширеною версією, він загинув 1685 р. від рук турків. Отож, у життєвій долі «нещасливого Богданового сина», як у краплині роси відбивається сонце, віддзеркалилась тогочасна недоля України, яка після смерті Богдана Хмельницького стала об'єктом настирливих домагань одночасно Московії, Речі Посполитої та Османської імперії.
У Богдана був ще й третій син, який не дожив до 1651 р. Дехто з істориків припускає,